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研究者情報

データ更新日:2018年04月06日

西山 智明 (にしやま ともあき) 助教 NISHIYAMA Tomoaki

メール

所属組織・役職等

学際科学実験センター

教育分野

所属研究室等

ゲノム機能解析分野 TEL:076-265-2777 FAX:076-234-4537

学歴

【出身大学院】
東京大学 博士課程 理学系研究科 生物科学専攻 2000/03 修了
東京大学 修士課程 理学系研究科 生物科学専攻 1997/03 修了
【出身大学】
東京大学  生物科学科 1995/03 卒業
【取得学位】
博士(理学)

職歴

東京大学 大学院理学系研究科 学術振興会特別研究員(DC1)(1997/04/01-2000/03/31)
基礎生物学研究所 学術振興会特別研究員(PD)(2000/04/01-2003/03/31)
基礎生物学研究所 特別協力研究員(2003/04/01-2005/03/31)
基礎生物学研究所 研究員(科学研究)(2003/05/01-2003/09/15)
基礎生物学研究所 講師(研究機関研究員)(2003/09/16-2004/03/31)
基礎生物学研究所 研究員(2004/04/01-2005/03/31)
金沢大学 学際科学実験センター(2005/04/01-)

生年月

1973年01月

所属学会

日本植物学会 Editorial Board member(2012-2015)

学内委員会委員等

受賞学術賞

専門分野

進化生物学、基礎ゲノム科学

専門分野キーワード

ゲノム、進化、ストレプトファイツ類

研究課題

ゲノム比較を通じた陸上植物進化の解明

ヒメツリガネゴケ、イヌカタヒバのゲノム解読と他の植物のゲノムとの比較解析によって陸上植物の初期進化を遺伝子レベルで解明する。さらに、陸上植物に近縁なシャジクモ藻類のゲノム解読を通じてより初期の問題を解明する。

次世代シーケンサーを用いたゲノム解析

著書

論文

  • The Selaginella genome identifies genetic changes associated with the evolution of vascular plants Banks JA, Nishiyama T, Hasebe M, Bowman JL, Gribskov M, dePamphilis C 他計103名 SCIENCE 332巻 960-963頁 2011/05 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Digital gene expression profiling by 5'-end sequencing of cDNAs during reprogramming in the moss Physcomitrella patens 西山智明、宮脇香織、大島真澄、Thompson K, 永島明知、長谷部光泰、倉田哲也 PLoS One 7巻 5号 e36471頁 2012/05 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Molecular Phylogenetic Analysis Among Bryophytes and Tracheophytes Based on Combined Data of Plastid Coded Genes and the 18S rRNA Gene T. Nishiyama and M. Kato Molecular Biology and Evolution 16巻 1027-1036頁 1999 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Tagged Mutagenesis and Gene-trap in the Moss, Physcomitrella patens by Shuttle Mutagenesis T. Nishiyama, Y. Hiwatashi 他3名 DNA Research 7巻 9-17頁 2000 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Comparative genomics of Physcomitrella patens gametophytic transcriptome and Arabidopsis thaliana: implication for land plant evolution T. Nishiyama , T. Fujita 他10名 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100巻 8007-8012頁 2003 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)

全て表示

  • The Physcomitrella genome reveals evolutionary insights into the conquest of land by plants Rensing SA, Lang D, Zimmer AD, Terry A, Salamov A, Shapiro H, Nishiyama T他 計70名 Science 319巻 64-69頁 2008/01 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Class 1 KNOX genes are not involved in shoot development in the moss Physcomitrella patens but do function in sporophyte development Keiko Sakakibara, Tomoaki Nishiyama, Hironori Deguchi, Mitsuyasu Hasebe EVOLUTION & DEVELOPMENT 10巻 5号  555-566頁 2008/09 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Reannotation and extended community resources for the genome of the non-seed plant Physcomitrella patens provide insights into the evolution of plant gene structures and functions Zimmer AD, Lang D, Buchta K, Rombauts S, Nishiyama T, Hasebe M, Van de Peer Y, Rensing SA, Reski R BMC Genomics 14巻 498頁 2013/07 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • TCC: an R package for comparing tag count data with robust normalization strategies Sun J, Nishiyama T, Shimizu K, Kadota K. BMC Bioinformatics 14巻 219頁 2013/07 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • A normalization strategy for comparing tag count data Kadota K, Nishiyama T, Shimizu K. Algorithms Mol Biol 7巻 1号 5頁 2012/04 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Physcomitrella Cyclin-Dependent Kinase A Links Cell Cycle Reactivation to Other Cellular Changes during Reprogramming of Leaf Cells Ishikawa M, Murata T, Sato Y, Nishiyama T, Hiwatashi Y, Imai A, Kimura M, Sugimoto N, Akita A, Oguri Y, Friedman WE, Hasebe M, Kubo M PLANT CELL 23巻 8号 2924-2938頁 2011/08 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • A membrane trafficking pathway regulated by the plant-specific RAB GTPase ARA6 Ebine K, Fujimoto M, Okatani Y, Nishiyama T, Goh T, Ito E, Dainobu T, Nishitani A, Uemura T, Sato MH, Thordal-Christensen H, Tsutsumi N, Nakano A, Ueda T NATURE CELL BIOLOGY 13巻 853-859頁 2011/06 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Phylogeny, biogeography, and host-plant association in the subfamily Apaturinae (Insecta: Lepidoptera: Nymphalidae) inferred from eight nuclear and seven mitochondrial genes Issei Ohshima, Yukiko Tanikawa-Dodo, Toyohei Saigusa, Tomoaki Nishiyama, Masakazu Kitani, Mitusyasu Hasebe, and Hideo Mohri MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION 57巻 1026-1036頁 2010/12 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • The chloroplast genome from a lycophyte (microphyllophyte), Selaginella uncinata, has a unique inversion, transpositions and many gene losses. Tsuji S, Ueda K, Nishiyama T, Hasebe M, Yoshikawa S, Konagaya A, Nishiuchi T, Yamaguchi K. JOURNAL OF PLANT RESEARCH 120巻 2号 281-290頁 2007/03 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • A polycomb repressive complex 2 gene regulates apogamy and gives evolutionary insights into early land plant evolution Yosuke Okano, Naoki Aono, Yuji Hiwatashi, Takashi Murata, Tomoaki Nishiyama, Takaaki Ishikawa, Minoru Kubo and Mitsuyasu Hasebe PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AME 106 巻 38号  16321-16326頁 2009/09 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Characterization of MADS-box genes in charophycean green algae and its implication for the evolution of MADS-box genes Y. Tanabe, T. Nishiyama, 他8名 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102巻 2436-2441頁 2005 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • The GID1-mediated gibberellin perception mechanism is conserved in the Lycophyte Selaginella moellendorffii but not in the Bryophyte Physcomitrella patens Hirano K, Nakajima M, Asano K, Nishiyama T, Sakakibara H, Kojima M, Katoh E, Xiang H, Tanahashi T, Hasebe M, Banks JA, Ashikari M, Kitano H, Ueguchi-Tanaka M, Matsuoka M. Plant Cell 19巻 10号 3058-3079頁 2007/10 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Chloroplast Phylogeny Indicates that Bryophytes are Monophyletic T. Nishiyama, P. G. Wolf 他10名 Molecular Biology and Evolution 21巻 1813-1819頁 2004 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Involvement of auxin and a homeodomain-leucine zipper I gene in rhizoid development of the moss Physcomitrella patens K. Sakakibara,, T. Nishiyama 他4名 Development 130巻 4835-4846頁 2003 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Evolution of MADS-box gene induction by FLO/LFY genes S. Himi, R. Sano, T. Nishiyama 他4名 Journal of Molecular Evolution 53巻 387-393頁 2001 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Isolation of Homeodomain-Leucine Zipper Genes from the Moss Physcomitrella patens and the Evolution of Homeodomain-Leucine Zipper Genes in Land Plants. K. Sakakibara, T. Nishiyama 他2名 Molecular Biology and Evolution 8巻 491-502頁 2001 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Establishment of gene-trap and enhancer-trap systems in the moss Physcomitrella patens Y. Hiwatashi, T. Nishiyama 他2名 Plant Journal 28巻 105-116頁 2001 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Marked Spatial Genetic Structure in Three Populations of a Weedy Fern, Pteris multifida Poir., and Reestimation of Its Selfing Rate. N. Murakami, T. Nishiyama 他2名 Plant Species Biology 12巻 97-106頁 1997 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Complete Genome Sequence of Burkholderia sp. Strain RPE64, Bacterial Symbiont of the Bean Bug Riptortus pedestris Shibata TF, Maeda T, Nikoh N, Yamaguchi K, Oshima K, Hattori M, Nishiyama T, Hasebe M, Fukatsu T, Kikuchi Y, Shigenobu S. Genome Announcements 1巻 4号  e00441-13 頁 2013/07 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Cells reprogramming to stem cells inhibit the reprogramming of adjacent cells in the moss Physcomitrella patens Sato Y, Sugimoto N, Hirai T, Imai A, Kubo M, Hiwatashi Y, Nishiyama T and Hasebe M. Scientific reports 7巻 1909頁 2017/05/15 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • CRISPR/Cas9-based knockouts reveal that CpRLP1 is a negative regulator of the sex pheromone PR-IP in the Closterium peracerosum-strigosum-littorale complex 7:17873. Dec 19, 2017 Kanda N, Ichikawa M, Ono A, Toyoda A, Fujiyama A, Abe J, Tsuchikane Y, Nishiyama T and Sekimoto H.  Scientific reports 7巻 17873頁 2017/12/19 査読有
  • Genome of the pitcher plant Cephalotus reveals genetic changes associated with carnivory Kenji Fukushima, Xiaodong Fang, David Alvarez-Ponce, Huimin Cai, Lorenzo Carretero-Paulet, Cui Chen, Tien-Hao Chang, Kimberly M. Farr, Tomomichi Fujita, Yuji Hiwatashi, Yoshikazu Hoshi, Takamasa Imai, Masahiro Kasahara, Pablo Librado, Likai Mao, Hitoshi Mori, Tomoaki Nishiyama, Masafumi Nozawa, Gergő Pálfalvi, Stephen T. Pollard, Julio Rozas, Alejandro Sánchez-Gracia, David Sankoff, Tomoko F. Shibata, Shuji Shigenobu, Naomi Sumikawa, Taketoshi Uzawa, Meiying Xie, Chunfang Zheng, David D. Pollock, Victor A. Albert, Shuaicheng Li & Mitsuyasu Hasebe Nature Ecology & Evolution 1巻 0059頁 2017/02/06 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • A Lin28 homologue reprograms differentiated cells to stem cells in the moss Physcomitrella patens Chen Li, Yusuke Sako, Akihiro Imai, Tomoaki Nishiyama, Kari Thompson, Minoru Kubo, Yuji Hiwatashi, Yukiko Kabeya, Dale Karlson, Shu-Hsing Wu, Masaki Ishikawa, Takashi Murata, Philip N. Benfey, Yoshikatsu Sato, Yosuke Tamada & Mitsuyasu Hasebe Nature Communications 8巻 14242頁 2017/01/27 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • An adenylyl cyclase with a phosphodiesterase domain in basal plants with a motile sperm system. Masahiro Kasahara, Noriyuki Suetsugu, Yuki Urano, Chiaki Yamamoto, Mikiya Ohmori, Yuki Takada, Shujiro Okuda, Tomoaki Nishiyama, Hidetoshi Sakayama, Takayuki Kohchi & Fumio Takahashi Scientific Reports 6巻 39232頁 2016/12/16 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • APOBEC3A associates with human papillomavirus genome integration in oropharyngeal cancers. Kondo S, Wakae K, Wakisaka N, Nakanishi Y, Ishikawa K, Komori T, Moriyama-Kita M, Endo K, Murono S, Wang Z, Kitamura K, Nishiyama T, Yamaguchi K, Shigenobu S, Muramatsu M, Yoshizaki T. Oncogene 2016/10/03 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • WOX13-like genes are required for reprogramming of leaf and protoplast cells into stem cells in the moss Physcomitrella patens Keiko Sakakibara, Pascal Reisewitz, Tsuyoshi Aoyama, Thomas Friedrich, Sayuri Ando, Yoshikatsu Sato, Yosuke Tamada, Tomoaki Nishiyama, Yuji Hiwatashi, Tetsuya Kurata, Masaki Ishikawa, Hironori Deguchi, Stefan A. Rensing, Wolfgang Werr, Takashi Murata, Mitsuyasu Hasebe, Thomas Laux Development 141巻 1660-1670頁 2014/04 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Genome assembly and annotation of Arabidopsis halleri, a model for heavy metal hyperaccumulation and evolutionary ecology Roman V. Briskine, Timothy Paape, Rie Shimizu-Inatsugi, Tomoaki Nishiyama, Satoru Akama, Jun Sese, Kentaro K. Shimizu Molecular Ecology Resources 2016/09/27 査読有
  • Whole-Genome Sequence of Burkholderia sp. Strain RPE67, a Bacterial Gut Symbiont of the Bean Bug Riptortus pedestris Kazutaka Takeshita, Tomoko F. Shibata, Naruo Nikoh, Tomoaki Nishiyama, Mitsuyasu Hasebe, Takema Fukatsu, Shuji Shigenobu, Yoshitomo Kikuchi Genome Announcements 2巻 3号 e00556-14頁 2014/06/19 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • ppdb: plant promoter database version 3.0 Ayaka Hieno, Hushna Ara Naznin, Mitsuro Hyakumachi, Tetsuya Sakurai, Mututomo Tokizawa, Hiroyuki Koyama, Naoki Sato, Tomoaki Nishiyama, Mitsuyasu Hasebe, Andreas D. Zimmer, Daniel Lang, Ralf Reski, Stefan A. Rensing, Junichi Obokata, Yoshiharu Y. Yamamoto Nucleic Acids Research 42巻 D1号 D1188-D1192頁 2013/11/04 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Methylome Diversification through Changes in DNA Methyltransferase Sequence Specificity  Yoshikazu Furuta, Hiroe Namba-Fukuyo, Tomoko F. Shibata, Tomoaki Nishiyama, Shuji Shigenobu, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Mitsuyasu Hasebe, Ichizo Kobayashi PLoS Genetics 10巻 4号 e1004272頁 2014/04/10 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Comparative genome sequencing reveals genomic signature of extreme desiccation tolerance in the anhydrobiotic midge Oleg Gusev, Yoshitaka Suetsugu, Richard Cornette, Takeshi Kawashima, Maria D. Logacheva, Alexey S. Kondrashov, Aleksey A. Penin, Rie Hatanaka, Shingo Kikuta, Sachiko Shimura, Hiroyuki Kanamori, Yuichi Katayose, Takashi Matsumoto, Elena Shagimardanova, Dmitry Alexeev, Vadim Govorun, Jennifer Wisecaver, Alexander Mikheyev, Ryo Koyanagi, Manabu Fujie, Tomoaki Nishiyama, Shuji Shigenobu, Tomoko F. Shibata, Veronika Golygina, Mitsuyasu Hasebe, Takashi Okuda, Nori Satoh, Takahiro Kikawada Nature Communications 5巻 4784頁 2014/09/12 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • SNARE Molecules in Marchantia polymorpha: Unique and Conserved Features of the Membrane Fusion Machinery Takehiko Kanazawa, Atsuko Era, Naoki Minamino, Yu Shikano, Masaru Fujimoto, Tomohiro Uemura, Ryuichi Nishihama, Katsuyuki T. Yamato, Kimitsune Ishizaki, Tomoaki Nishiyama, Takayuki Kohchi, Akihiko Nakano, Takashi Ueda Plant & Cell Physiology 57巻 2号 307-324頁 2015/05/27 査読有 原著論文
  • Detection of hypermutated human papillomavirus type 16 genome by Next-Generation Sequencing Kousho Wakae, Satoru Aoyama, Zhe Wang, Kouichi Kitamura, Guangyan Liu, Ahasan Md. Monjurul, Miki Koura, Mieko Imayasu, Naoya Sakamoto, Mitsuhiro Nakamura, Satoru Kyo, Satoru Kondo, Hiroshi Fujiwara, Tomokazu Yoshizaki, Iwao Kukimoto, Katsushi Yamaguchi, Shuji Shigenobu, Tomoaki Nishiyama, Masamichi Muramatsu Virology 485巻 460–466頁 2015/11 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Algal ancestor of land plants was preadapted for symbiosis Pierre-Marc Delaux, Guru V. Radhakrishnan, Dhileepkumar Jayaraman, Jitender Cheema, Mathilde Malbreil, Jeremy D. Volkening, Hiroyuki Sekimoto, Tomoaki Nishiyama, Michael Melkonian, Lisa Pokorny, Carl J. Rothfels, Heike Winter Sederoff, Dennis W. Stevenson, Barbara Surek, Yong Zhang, Michael R. Sussman, Christophe Dunand, Richard J. Morris, Christophe Roux, Gane Ka-Shu Wong, Giles E. D. Oldroyd, Jean-Michel Ané Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112巻 43号 13390–13395頁 2015/10/05 査読有 原著論文
  • Genome sequencing of Metrosideros polymorpha (Myrtaceae), a dominant species in various habitats in the Hawaiian Islands with remarkable phenotypic variations Ayako Izuno, Masaomi Hatakeyama, Tomoaki Nishiyama, Ichiro Tamaki, Rie Shimizu-Inatsugi, Ryuta Sasaki, Kentaro K. Shimizu, Yuji Isagi Journal of Plant Research 129巻 4号 727–736頁 2016/04/06 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • The Polycomb group protein CLF emerges as a specific tri-methylase of H3K27 regulating gene expression and development in Physcomitrella patens Idan Pereman, Assaf Mosquna, 1, Aviva Katz, Gertrud Wiedemann, Daniel Lang, Eva L. Decker, Yosuke Tamada, Takaaki Ishikawa, Tomoaki Nishiyama, Mitsuyasu Hasebe, Ralf Reski, Nir Ohad Biochimica et Biophysica Acta (BBA) 1859巻 7号 860–870頁 2016/07 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Diversification of a Transcription Factor Family Led to the Evolution of Antagonistically Acting Genetic Regulators of Root Hair Growth  Holger Breuninger , Anna Thamm , Susanna Streubel , Hidetoshi Sakayama , Tomoaki Nishiyama , Liam Dolan Current Biology 26巻 12号 1622–1628頁 2016/06/20 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)

講演・口頭発表等

芸術・フィールドワーク

特許

共同研究希望テーマ

科研費

○「植物の多細胞体制進化の鍵となったゲノム進化の特定」(2008-2009) 代表者
○若手研究(B)「多数の核マーカーによる陸上植物の初期系統分化の解明」(2007-2008) 代表者
○「植物の多細胞体制進化の鍵となったゲノム進化の特定」(2006-2007) 代表者
○萌芽研究(2002-2008)「小葉類葉緑体ゲノムにおけるRNAエディティングの全体像とその生物情報学的解析」(2006-2007) 分担者
○新学術領域研究(研究領域提案型)「非モデル生物におけるゲノム解析法の確立」(2010-2015) 代表者
○挑戦的萌芽研究「次世代シーケンサーによる系統解析の革新」(2011-2012) 代表者

学域・学類担当授業科目

○生物学実験(2017)
○生物学実験(2017)
○生理学1B(2017)
○機能植物科学(2017)
○生理学1(2017)
○機能植物科学(2016)
○生理学1(2016)
○生物学実験(2016)
○生物学実験(2016)
○生物学実験(2015)
○生物学実験(2014)

大学院担当授業科目

○遺伝子工学基礎技術コース(2017)

他大学の客員教授

○Zurich University

教育活動(FD)に関する研究

国際事業協力

留学生参加の社会活動

審議会等の参加

講演可能なテーマ

その他公的社会活動

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