本文へジャンプ

研究者情報

データ更新日:2024年07月21日

川口 一朋 (かわぐち かずとも) 准教授 KAWAGUCHI, Kazutomo

メール

所属組織・役職等

理工研究域 数物科学系

教育分野

【学士課程】
理工学域 数物科学類
【大学院前期課程】
自然科学研究科 数物科学専攻

所属研究室等

計算バイオ科学研究室

学歴

【出身大学院】
名古屋大学 博士課程 理学研究科 物質理学専攻(物理系) 2008/03 修了
【出身大学】
名古屋大学 理学部 物理学科 2003/03 卒業
【取得学位】
博士(理学)

職歴

博士研究員 名古屋大学大学院工学研究科(2008/04/01-2010/09/30)

生年月

1981年01月

所属学会

日本生物物理学会 生物物理編集地区委員(2011-2011)
分子シミュレーション研究会
日本物理学会

学内委員会委員等

○理学談話会 委員(2017-2023)
○学術リテラシー教育 ワーキング・グループ 委員(2022-2023)
○レクリエーション委員会 委員(2022-2023)
○理学談話会 委員長(2020-2021)
○学生募集・広報委員 委員(2018-2021)
○国際産学連携委員会 その他(2019-2020)
○建物・情報システム管理委員会 委員(2014-2019)
○レクリエーション委員会 委員(2011-2016)
○レクリエーション委員会 委員長(2012-2012)

受賞学術賞

専門分野

生物物理・化学物理・ソフトマターの物理、生物物理学

専門分野キーワード

生物物理、分子シミュレーション

研究課題

タンパク質の複合体形成

著書

論文

  • Conformations of Three Types of Ultra-Long-Chain Fatty Acids in Multicomponent Lipid Bilayers Journal of Physical Chemistry B 126巻 45号 9316頁 2022/11/17 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • A coarse-grained model of the effective interaction for charged amino acid residues and its application to formation of GCN4-pLI tetramer 5巻 116号 649-657頁 2018 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Molecular dynamics study of lipid bilayer asymmetry induced by ion concentration gradient and electronic polarizability Molecular Simulation 1頁 2022/02/02 査読有 研究論文(学術雑誌) 
  • A simple coarse-grained model for interacting protein complex 5巻 115号 587-597頁 2017 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • MODYLAS: A Highly Parallelized General-Purpose Molecular Dynamics Simulation Program for Large-Scale Systems with Long-Range Forces Calculated by Fast Multipole Method (FMM) and Highly Scalable Fine-Grained New Parallel Processing Algorithms Journal of Chemical Theory and Computation 7巻 9号 3201-3209頁 2013/07 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)

全て表示

  • Theoretical study on interaction of cytochrome f and plastocyanin complex by a simple coarse-grained model with molecular crowding effect Satoshi Nakagawa, Isman Kurniawan, Koichi Kodama, Muhammad Saleh Arwansyah, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao 116巻 5号 666-677頁 2018 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Molecular dynamics studies of Hsp90 with ADP: protein-ligand binding dynamics AIP Conference Proceedings 1518号 637-640頁 2013 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Molecular dynamics analyses of the dissociation process of ADP from Hsp90 International Journal of Quantum Chemistry 24巻 112号 3791-3795頁 2012/06 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Molecular Dynamics Study of Hsp90 and ADP: Hydrogen Bond Analysis for ADP Dissociation 1号 012056頁 2014 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Decomposition analysis of free energy profile for Hsp90-ADP association 42号 896-901頁 2016 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Theoretical prediction of optical absorption maxima for photosensory receptor mutants CHEMICAL PHYSICS LETTERS 430巻 4-6号 386頁 2006/10 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Molecular dynamics studies of Hsp90 with ADP: protein-ligand binding dynamics 4TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS: KEEP GOING TOHOKU 1518巻 637頁 2013 査読無 研究論文(プロシーディング) 
  • Molecular Dynamics Study of Hsp90 and ADP: Hydrogen Bond Analysis for ADP Dissociation Kazutomo KAWAGUCHI,Hiroaki SAITO,Hidemi NAGAO JPS Conf. Proc. 012056頁 2014 査読有 研究論文(プロシーディング)
  • Molecular dynamics study of binary POPC bilayers: molecular condensing effects on membrane structure and dynamics Hiroaki Saito,Tetsuya Morishita,Taku Mizukami,Ken-ichi Nishiyama,Kazutomo Kawaguchi,Hidemi Nagao IOP Conf. Series: Journal of Physics: Conf. Series 1136巻 1136号 012022頁 2018 査読有 研究論文(プロシーディング) 
  • Π-stacking Interaction between Heterocyclic Rings in a Reaction Field of Biological System Muhamad KOYIMATU,Hideto SHIMAHARA,Kimikazu SUGIMORI,Kazutomo KAWAGUCHI,Hiroaki SAITO,Hidemi NAGAO JPS Conf. Proc. 012055頁 2014 査読有 研究論文(プロシーディング)
  • Protein-protein interactions of Azurin complex in liquid system Micke Rusmerryani,Masako Takasu,Kazutomo Kawaguchi,Hiroaki Saito,Hidemi Nagao JPS Conf. Proc. 012054頁 2014 査読有 研究論文(プロシーディング)
  • A coarse-grained model of the effective interaction for charged amino acid residues and its application to formation of GCN4-pLI tetramer Molecular Physics 116巻 5-6号 649頁 2018/03/19 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Molecular dynamics simulations of the Hras-GTP complex and the Hras-GDP complex International Journal of Quantum Chemistry 113巻 21号 2333頁 2013/11/05 査読無 研究論文(学術雑誌) 
  • Evaluation of Scoring Functions for Protein-ligand Docking 4TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS: KEEP GOING TOHOKU 1518巻 645頁 2013 査読無 研究論文(プロシーディング) 
  • MODYLAS: A Highly Parallelized General-Purpose Molecular Dynamics Simulation Program for Large-Scale Systems with Long-Range Forces Calculated by Fast Multipole Method (FMM) and Highly Scalable Fine-Grained New Parallel Processing Algorithms JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 9巻 7号 3201頁 2013/07 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Transition state analysis of azurin via Go-like model AIP Conference Proceedings 1518巻 641頁 2013 査読無 研究論文(プロシーディング) 
  • Molecular Dynamics Study on Entrainment Phenomenon in Model Molecular Systems 4TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS: KEEP GOING TOHOKU 1518巻 729頁 2013 査読無 研究論文(プロシーディング) 
  • Theoretical model for assessing properties of local structures in metalloprotein AIP Conference Proceedings 1518巻 626頁 2013 査読無 研究論文(プロシーディング) 
  • Molecular dynamics study of gramicidin a in lipid bilayer: Structure and lateral pressure profile INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY 112巻 24号 3834頁 2012/12 査読無 研究論文(学術雑誌) 
  • Stress tensor analysis of the protein quake of photoactive yellow protein PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 10巻 10号 1400頁 2008/03 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Molecular dynamics study on the free energy profile for dissociation of ADP from N-terminal domain of Hsp90 CHEMICAL PHYSICS LETTERS 588巻 226頁 2013/11 査読無 研究論文(学術雑誌) 
  • Network of Water Molecules Around Guanine Nucleotide in the Hras–GTP and -GDP Complexes by MD Simulations 宮川毅,森河良太,高須昌子,杉森公一,川口一朋,斎藤大明,長尾秀実 JPS Conf. Proc. 1巻 016006頁 2014/03 査読有 研究論文(プロシーディング) 
  • Theoretical study on interaction of cytochrome f and plastocyanin complex by a simple coarse-grained model with molecular crowding effect Molecular Physics 116巻 5-6号 666頁 2018/03/19 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Analysis of water molecules around GTP in Hras-GTP complex and GDP in Hras-GDP complex by molecular dynamics simulations MOLECULAR PHYSICS 112巻 3-4号 526頁 2014/02 査読無 研究論文(学術雑誌) 
  • Molecular Dynamics Study of Electrostatic Potential along Lipid Bilayer with Gramicidin A 4TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS: KEEP GOING TOHOKU 1518巻 633頁 2013 査読無 研究論文(プロシーディング) 
  • Conformational Stability of Met20 Loop of DHFR : A molecular Dynamics Study 4TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS: KEEP GOING TOHOKU 1518巻 654頁 2013 査読無 研究論文(プロシーディング) 
  • A molecular dynamics study of Hras-GTP and GDP complexes: The properties of water molecules around guanine nucleotide AIP Conference Proceedings 1518巻 594頁 2013 査読無 研究論文(プロシーディング) 
  • Analysis of Water Molecules in the Hras-GTP and GDP Complexes with Molecular Dynamics Simulations ADVANCES IN QUANTUM METHODS AND APPLICATIONS IN CHEMISTRY, PHYSICS, AND BIOLOGY 27巻 351頁 2013 査読有 研究論文(プロシーディング)
  • Molecular dynamics analyses of the dissociation process of ADP from Hsp90 INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY 112巻 24号 3791頁 2012/12 査読無 研究論文(学術雑誌) 
  • The potentials of the atoms around Mg2+ in the H-ras GTP complex and in the H-ras GDP complex T. Miyakawa,R. Morikawa,M. Takasu,K. Sugimori,K. Kawaguchi,H. Saito,Hidemi Nagao Progress in Theoretical Chemistry and Physics 26巻 525頁 2012 査読有 研究論文(プロシーディング)
  • Molecular Dynamics Study of Glutathione S-transferase: Structure and Binding Character of Glutathione Y. Omae,H. Saito,H. Takagi,M. Nishimura,M. Iwayama,K. Kawaguchi,H. Nagao Progress in Theoretical Chemistry and Physics 26巻 545頁 2012 査読有 研究論文(プロシーディング)
  • Molecular Dynamics Study of Gramicidin A in Lipid Bilayer: Electrostatic Map and Ion Conduction Hiroaki SAITO,Masashi IWAYAMA,Kazutomo KAWAGUCHI,Taku MIZUKAMI,Takeshi MIYAKAWA,Masako TAKASU,Hidemi NAGAO JPS Conf. Proc. 012053頁 2014 査読有 研究論文(プロシーディング)
  • A theoretical study on redox potential and pKa of [2Fe-2S] cluster model from iron-sulfur proteins Isman Kurniawan,Isman Kurniawan,Kazutomo Kawaguchi,Mitsuo Shoji,Toru Matsui,Yasuteru Shigeta,Hidemi Nagao Bulletin of the Chemical Society of Japan 91巻 9号 1451頁 2018/01/01 査読無 研究論文(学術雑誌) 
  • A simple coarse-grained model for interacting protein complex MOLECULAR PHYSICS 115巻 5号 587頁 2017 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Decomposition analysis of free energy profile for Hsp90-ADP association MOLECULAR SIMULATION 42巻 11号 896頁 2016 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • A hybrid-type approach with MD and DFT calculations for evaluation of redox potential of molecules MOLECULAR SIMULATION 41巻 10-12号 936頁 2015/08 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Theoretical Study of Complex Aspirin and Hydroxypropyl-β-cyclodextrin in Solvent Phase Journal of Physics: Conference Series 2207巻 1号 012022頁 2022/03/01 査読有 研究論文(学術雑誌) 
  • Theoretical Study of Dissociation Process of Plastocyanins by PaCS-MD Simulation Journal of Physics: Conference Series 2207巻 1号 012021頁 2022/03/01 査読有 研究論文(学術雑誌) 
  • The Study of the Octanol-Water Partition Coefficient by the Computational Chemistry Method Journal of Computer Chemistry, Japan 18巻 5号 241頁 2019 研究論文(学術雑誌) 
  • Quantum Chemical Study of Axial Ligand Effect on the Electronic Properties of Type I Copper Protein Kurniawan Isman,Kawaguchi Kazutomo,Sugimori Kimikazu,Sakurai Takeshi,Nagao Hidemi CHEMISTRY LETTERS 47巻 9号 1172頁 2018/09 査読有
  • Theoretical study of conformational transition of CDK4 by association of cyclin D3 Kawaguchi Kazutomo,Arwansyah Muhammad Saleh,Kataoka Tatsuki,Nagao Hidemi MOLECULAR PHYSICS 117巻 17号 2355頁 2019/09/02 査読有
  • Conformation of ultra-long-chain fatty acid in lipid bilayer: Molecular dynamics study The Journal of Chemical Physics 153巻 16号 165101頁 2020/10/28 査読有 研究論文(学術雑誌) 
  • Theoretical studies on electronic structure and properties of type I copper center in copper proteins KURNIAWAN Isman,Kawaguchi Kazutomo,SUGIMORI Kimikazu,SAKURAI Takeshi,Nagao Hidemi The Science Reports of Kanazawa University = The Science Reports of Kanazawa University 63号 1頁 2019 
  • Free energy profiles of lipid translocation across pure POPC and POPC/CHOL bilayer: all-atom molecular dynamics study Hiroaki Saito,Tetsuya Morishita,Taku Mizukami,Ken-ichi Nishiyama,Kazutomo Kawaguchi,Hidemi Nagao IOP Conf. Series: Journal of Physics: Conf. Series 1290号 012020頁 2019/11 査読有 研究論文(プロシーディング)

講演・口頭発表等

  • アミノ酸変異による結合自由エネルギー変化に関する理論的研究(会議名:2023年度 生物物理学会中部支部講演会)(2024/03/19)
  • Molecular dynamics study of ultra-long-chain fatty acids in lipid bilayer(会議名:9th International Discussion Meeting on Relaxation in Complex Systems)(2023/08/18)
  • アミノ酸変異によるタンパク質複合体の結合自由エネルギー変化(会議名:第37回分子シミュレーション討論会)(2023/12/04)
  • Binding free energy calculation for mutated protein complex system(会議名:第61回日本生物物理学会年会)(2023/11/14)
  • Development of Coarse-grained model for protein complex(会議名:20th IUPAB Congress)(2021/10/04)

全て表示

  • Coarse-grained model for protein-nucleotide interaction(会議名:XXXII IUPAP Conference on Computational Physics)(2021/08/01)
  • Theoretical study of complex formation of Plastocyanin and Cytochrome f(会議名:第59回日本生物物理学会年会)(2021/11/25)
  • Theoretical study of electron transport between cytochrome f and plastocyanin by using a coarse-grained simulation(会議名:第58回日本生物物理学会年会)(2020/09/16)
  • 分子動力学法による 静止膜電位に関する研究 (会議名:第13回分子科学討論会)(2019/09/17)
  • Conformational transition of cdk4 by using coarse-grained simulations(会議名:第57回日本生物物理学会年会)(2019/09/24)
  • タンパク質間相互作用の粗視化モデルの開発と応用(会議名:日本物理学会秋季大会)(2019/09/10)
  • 分子動力学法による静止膜電位に関する研究(会議名:日本生物物理学会平成30年度中部支部講演会)(2019/03/26)
  • 粗視化シミュレーションを用いた cyclin D3によるCDK4の活性化機構の解明(会議名:第32回分子シミュレーション討論会)(2018/11/28)
  • Theoretical study on a resting membrane potential by using all-atom molecular dynamics simulations(会議名:第56回日本生物物理学会年会)(2018/09/15)
  • 脂質二重層膜とイオンに関する理論的研究(会議名:生体界面研究会)(2017/07/06)
  • 分子動力学法による静止膜電位に関する研究(会議名:平成29年度生物物理学会中部支部講演会)(2018/03/05)
  • Theoretical Study of Intermolecular Interaction for Protein Systems (会議名:International Workshop on Computational Science 2017)(2017/02/15)
  • Goldman-Hodgkin-Katz方程式から得られる 静止膜電位の分子動力学シミュレーション(会議名:第31回分子シミュレーション討論会)(2017/11/29)
  • Development of a coarse-grained model for charged amino acid residues(会議名:第55回日本生物物理学会年会)(2017/09/19)
  • 全原子MDを用いたタンパク質間 相互作用の粗視化モデルの構築(会議名:凝縮系の理論化学)(2017/04/08)
  • タンパク質間相互作用の粗視化モデルに関する理論的研究(会議名:第10回分子科学討論会)(2016/09/13)

その他(報告書など)

  • タンパク質複合体の会合・解離ダイナミクスと中間体構造予測 日本物理学会誌 78巻 8号 2023/08/01 ①速報,短報,研究ノート等(学術雑誌)
  • Conformation of Ultra-Long Chain Fatty Acid in Lipid Bilayer Activity Report 2022 Institute for Solid State Physics, The University of Tokyo  2023/07/01 ②速報,短報,研究ノート等(大学,研究機関紀要)
  • Molecular Dynamics Study of Ultra-Long Chain Fatty Acid in Lipid Bilayer Activity Report 2022 Supercomputer Center, Institute for Solid State Physics, The University of Tokyo  2023/06/01 ②速報,短報,研究ノート等(大学,研究機関紀要)

芸術・フィールドワーク

特許

共同研究希望テーマ

○生体分子の分子動力学シミュレーション

科研費

○基盤研究(C)(一般)「分子動力学計算によるアミノ酸変異タンパク質複合体の結合自由エネルギーシフトの予測」(2023-2025) 代表者

競争的資金・寄付金等

共同研究・受託研究実績

○分子動力学シミュレーションによる気体の安定性に関する研究(2022-2022)

A-STEP採択課題

学域・学類担当授業科目

○プレゼン・ディベート論(初学者ゼミⅡ)(2021)
○初学者ゼミⅠ(2021)
○力学演習2(2021)
○計算実験2(2021)
○アカデミックスキル(2021)
○プレゼン・ディベート論(2021)
○計算実験2(2020)
○力学演習2(2020)
○特別講義(2020)
○計算実験2(2019)
○力学演習2(2019)
○力学演習2(2018)
○計算実験2(2018)
○計算実験課題研究(2018)
○計算実験課題研究(2017)
○計算実験2(2017)
○力学演習2(2017)
○計算実験2(2016)
○力学演習2(2016)
○計算実験課題研究(2016)
○計算実験課題研究(2015)
○計算実験2(2015)
○力学演習2(2015)
○数物科学の世界(2015)
○コンピュータにより拓かれた新しい科学(2014)
○数物科学の世界(2014)
○計算実験2(2014)
○計算実験課題研究(2014)
○力学演習2(2014)
○コンピュータにより拓かれた新しい科学(2013)
○計算実験2(2013)
○熱統計力学演習2(2013)
○数物科学の世界(2013)
○計算実験課題研究(2013)
○コンピュータにより拓かれた新しい科学(2012)
○数物科学の世界(2012)
○物理学実験(2012)
○熱統計力学演習2(2012)
○計算実験課題研究(2012)
○計算実験2(2012)
○コンピュータにより拓かれた新しい科学(2011)
○熱統計力学演習2(2011)
○計算実験2(2011)
○数物科学の世界(2011)
○熱統計力学演習2(2010)
○計算実験2(2010)
○計算科学特論(2010)
○熱統計力学演習2(2010)

大学院担当授業科目

○サイエンスプレゼンテーションB(2021)
○計算理学概論b(2021)
○計算理学概論a(2021)
○計算バイオ科学A(2021)
○高度先端計算科学概論b(2021)
○計算バイオ科学a(2021)
○計算バイオ科学b(2021)
○応用計算科学a(2021)
○応用計算科学b(2021)
○計算バイオ科学B(2021)
○課題研究B(2021)
○課題研究B(2021)
○サイエンスプレゼンテーションB(2021)
○高度先端計算科学概論a(2021)
○サイエンスプレゼンテーションB(2020)
○サイエンスプレゼンテーションB(2020)
○計算バイオ科学A(2020)
○計算バイオ科学B(2020)
○計算科学特別講義(2020)
○計算バイオ科学a(2020)
○高度先端計算科学概論b(2020)
○計算バイオ科学b(2020)
○課題研究B(2020)
○高度先端計算科学概論a(2020)
○課題研究B(2020)
○応用計算科学a(2020)
○応用計算科学b(2020)
○高度先端計算科学概論a(2019)
○計算バイオ科学a(2019)
○課題研究B(2019)
○サイエンスプレゼンテーションB(2019)
○サイエンスプレゼンテーションB(2019)
○課題研究B(2019)
○高度先端計算科学概論b(2019)
○計算バイオ科学b(2019)
○応用計算科学a(2019)
○応用計算科学b(2019)
○課題研究B(2018)
○連携科目(2018)
○高度先端計算科学概論a(2018)
○計算理学概論b(2018)
○演習B(2018)
○ゼミナールB(2018)
○高度先端計算科学概論b(2018)
○計算バイオ科学a(2018)
○計算バイオ科学b(2018)
○応用計算科学a(2018)
○応用計算科学b(2018)
○計算理学概論a(2018)
○演習B平成29年度入学生用(2017)
○ゼミナールB平成29年度入学生用(2017)
○高度先端計算科学概論b(2017)
○課題研究B平成29年度入学生用(2017)
○高度先端計算科学概論a(2017)
○高度先端計算科学概論a(2016)
○課題研究B平成28年度入学生用(2016)
○計算バイオ科学a(2016)
○計算理学概論b(2016)
○計算バイオ科学b(2016)
○ゼミナールB平成28年度入学生用(2016)
○応用計算科学a(2016)
○応用計算科学b(2016)
○演習B平成28年度入学生用(2016)
○高度先端計算科学概論b(2016)
○計算理学概論a(2016)
○ゼミナールB平成27年度入学生用(2015)
○演習B平成27年度入学生用(2015)
○課題研究B平成27年度入学生用(2015)
○高度先端計算科学概論(2015)
○計算理学概論(2015)
○計算バイオ科学(2014)
○計算理学概論(2014)
○高度先端計算科学概論(2014)
○演習B平成26年度入学生用(2014)
○ゼミナールB平成26年度入学生用(2014)
○課題研究B平成26年度入学生用(2014)
○課題研究B平成25年度入学生用(2013)
○計算バイオ科学(2013)
○ゼミナールB平成25年度入学生用(2013)
○高度先端計算科学概論(2013)
○演習B平成25年度入学生用(2013)
○課題研究B平成24年度入学生用(2012)
○演習B平成24年度入学生用(2012)
○ゼミナールB平成24年度入学生用(2012)
○演習B(2012)
○課題研究B(2012)
○高度先端計算科学概論(2012)
○ゼミナールB(2012)
○課題研究(2011)

他大学の客員教授

教育活動(FD)に関する研究

国際事業協力

留学生参加の社会活動

審議会等の参加

講演可能なテーマ

その他公的社会活動

このページの先頭へ