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研究者情報

データ更新日：2024年11月23日

川口　一朋　（かわぐち かずとも）　准教授　KAWAGUCHI, Kazutomo

メール

所属組織・役職等

理工研究域　数物科学系

教育分野

【学士課程】
理工学域　数物科学類
【大学院前期課程】
自然科学研究科　数物科学専攻

所属研究室等

計算バイオ科学研究室

学歴

【出身大学院】
名古屋大学　博士課程　理学研究科　物質理学専攻（物理系）　2008/03　修了
【出身大学】
名古屋大学　理学部　物理学科　2003/03　卒業
【取得学位】
博士（理学）

職歴

博士研究員　名古屋大学大学院工学研究科(2008/04/01-2010/09/30)

生年月

1981年01月

所属学会

日本生物物理学会　生物物理編集地区委員(2011-2011)
分子シミュレーション研究会
日本物理学会

学内委員会委員等

○理学談話会　委員(2017-2023)
○学術リテラシー教育 ワーキング・グループ　委員(2022-2023)
○レクリエーション委員会　委員(2022-2023)
○理学談話会　委員長(2020-2021)
○学生募集・広報委員　委員(2018-2021)
○国際産学連携委員会　その他(2019-2020)
○建物・情報システム管理委員会　委員(2014-2019)
○レクリエーション委員会　委員(2011-2016)
○レクリエーション委員会　委員長(2012-2012)

受賞学術賞

専門分野

生物物理・化学物理・ソフトマターの物理、生物物理学

専門分野キーワード

生物物理、分子シミュレーション

研究課題

タンパク質の複合体形成

著書

論文

  • Conformations of Three Types of Ultra-Long-Chain Fatty Acids in Multicomponent Lipid Bilayers　Journal of Physical Chemistry B　126巻　45号　9316頁　2022/11/17　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • A coarse-grained model of the effective interaction for charged amino acid residues and its application to formation of GCN4-pLI tetramer　5巻　116号　649-657頁　2018　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Molecular dynamics study of lipid bilayer asymmetry induced by ion concentration gradient and electronic polarizability　Molecular Simulation　1頁　2022/02/02　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • A simple coarse-grained model for interacting protein complex　5巻　115号　587-597頁　2017　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • MODYLAS: A Highly Parallelized General-Purpose Molecular Dynamics Simulation Program for Large-Scale Systems with Long-Range Forces Calculated by Fast Multipole Method (FMM) and Highly Scalable Fine-Grained New Parallel Processing Algorithms　Journal of Chemical Theory and Computation　7巻　9号　3201-3209頁　2013/07　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）

全て表示

  • Theoretical study on interaction of cytochrome f and plastocyanin complex by a simple coarse-grained model with molecular crowding effect　Satoshi Nakagawa, Isman Kurniawan, Koichi Kodama, Muhammad Saleh Arwansyah, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao　116巻　5号　666-677頁　2018　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Molecular dynamics studies of Hsp90 with ADP: protein-ligand binding dynamics　AIP Conference Proceedings　1518号　637-640頁　2013　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Molecular dynamics analyses of the dissociation process of ADP from Hsp90　International Journal of Quantum Chemistry　24巻　112号　3791-3795頁　2012/06　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Molecular Dynamics Study of Hsp90 and ADP: Hydrogen Bond Analysis for ADP Dissociation　1号　012056頁　2014　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Decomposition analysis of free energy profile for Hsp90-ADP association　42号　896-901頁　2016　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Theoretical prediction of optical absorption maxima for photosensory receptor mutants　CHEMICAL PHYSICS LETTERS　430巻　4-6号　386頁　2006/10　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Molecular dynamics study of gramicidin a in lipid bilayer: Structure and lateral pressure profile　INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY　112巻　24号　3834頁　2012/12　査読無　研究論文（学術雑誌）　
  • Molecular Dynamics Study of Glutathione S-transferase: Structure and Binding Character of Glutathione　Y. Omae,H. Saito,H. Takagi,M. Nishimura,M. Iwayama,K. Kawaguchi,H. Nagao　Progress in Theoretical Chemistry and Physics　26巻　545頁　2012　査読有　研究論文（プロシーディング）
  • Stress tensor analysis of the protein quake of photoactive yellow protein　PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS　10巻　10号　1400頁　2008/03　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • The potentials of the atoms around Mg2+ in the H-ras GTP complex and in the H-ras GDP complex　T. Miyakawa,R. Morikawa,M. Takasu,K. Sugimori,K. Kawaguchi,H. Saito,Hidemi Nagao　Progress in Theoretical Chemistry and Physics　26巻　525頁　2012　査読有　研究論文（プロシーディング）
  • Molecular dynamics studies of Hsp90 with ADP: protein-ligand binding dynamics　4TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS: KEEP GOING TOHOKU　1518巻　637頁　2013　査読無　研究論文（プロシーディング）　
  • Analysis of Water Molecules in the Hras-GTP and GDP Complexes with Molecular Dynamics Simulations　ADVANCES IN QUANTUM METHODS AND APPLICATIONS IN CHEMISTRY, PHYSICS, AND BIOLOGY　27巻　351頁　2013　査読有　研究論文（プロシーディング）
  • Molecular Dynamics Study of Hsp90 and ADP: Hydrogen Bond Analysis for ADP Dissociation　Kazutomo KAWAGUCHI,Hiroaki SAITO,Hidemi NAGAO　JPS Conf. Proc.　012056頁　2014　査読有　研究論文（プロシーディング）
  • MODYLAS: A Highly Parallelized General-Purpose Molecular Dynamics Simulation Program for Large-Scale Systems with Long-Range Forces Calculated by Fast Multipole Method (FMM) and Highly Scalable Fine-Grained New Parallel Processing Algorithms　JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION　9巻　7号　3201頁　2013/07　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • A hybrid-type approach with MD and DFT calculations for evaluation of redox potential of molecules　MOLECULAR SIMULATION　41巻　10-12号　936頁　2015/08　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Network of Water Molecules Around Guanine Nucleotide in the Hras–GTP and -GDP Complexes by MD Simulations　宮川毅,森河良太,高須昌子,杉森公一,川口一朋,斎藤大明,長尾秀実　JPS Conf. Proc.　1巻　016006頁　2014/03　査読有　研究論文（プロシーディング）　
  • Protein-protein interactions of Azurin complex in liquid system　Micke Rusmerryani,Masako Takasu,Kazutomo Kawaguchi,Hiroaki Saito,Hidemi Nagao　JPS Conf. Proc.　012054頁　2014　査読有　研究論文（プロシーディング）
  • Molecular Dynamics Study of Gramicidin A in Lipid Bilayer: Electrostatic Map and Ion Conduction　Hiroaki SAITO,Masashi IWAYAMA,Kazutomo KAWAGUCHI,Taku MIZUKAMI,Takeshi MIYAKAWA,Masako TAKASU,Hidemi NAGAO　JPS Conf. Proc.　012053頁　2014　査読有　研究論文（プロシーディング）
  • Molecular dynamics simulations of the Hras-GTP complex and the Hras-GDP complex　International Journal of Quantum Chemistry　113巻　21号　2333頁　2013/11/05　査読無　研究論文（学術雑誌）　
  • Molecular dynamics study on the free energy profile for dissociation of ADP from N-terminal domain of Hsp90　CHEMICAL PHYSICS LETTERS　588巻　226頁　2013/11　査読無　研究論文（学術雑誌）　
  • Π-stacking Interaction between Heterocyclic Rings in a Reaction Field of Biological System　Muhamad KOYIMATU,Hideto SHIMAHARA,Kimikazu SUGIMORI,Kazutomo KAWAGUCHI,Hiroaki SAITO,Hidemi NAGAO　JPS Conf. Proc.　012055頁　2014　査読有　研究論文（プロシーディング）
  • Molecular dynamics study of binary POPC bilayers: molecular condensing effects on membrane structure and dynamics　Hiroaki Saito,Tetsuya Morishita,Taku Mizukami,Ken-ichi Nishiyama,Kazutomo Kawaguchi,Hidemi Nagao　IOP Conf. Series: Journal of Physics: Conf. Series　1136巻　1136号　012022頁　2018　査読有　研究論文（プロシーディング）　
  • Molecular Dynamics Study of Electrostatic Potential along Lipid Bilayer with Gramicidin A　4TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS: KEEP GOING TOHOKU　1518巻　633頁　2013　査読無　研究論文（プロシーディング）　
  • Evaluation of Scoring Functions for Protein-ligand Docking　4TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS: KEEP GOING TOHOKU　1518巻　645頁　2013　査読無　研究論文（プロシーディング）　
  • Transition state analysis of azurin via Go-like model　AIP Conference Proceedings　1518巻　641頁　2013　査読無　研究論文（プロシーディング）　
  • Molecular Dynamics Study on Entrainment Phenomenon in Model Molecular Systems　4TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS: KEEP GOING TOHOKU　1518巻　729頁　2013　査読無　研究論文（プロシーディング）　
  • Conformational Stability of Met20 Loop of DHFR : A molecular Dynamics Study　4TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON SLOW DYNAMICS IN COMPLEX SYSTEMS: KEEP GOING TOHOKU　1518巻　654頁　2013　査読無　研究論文（プロシーディング）　
  • A molecular dynamics study of Hras-GTP and GDP complexes: The properties of water molecules around guanine nucleotide　AIP Conference Proceedings　1518巻　594頁　2013　査読無　研究論文（プロシーディング）　
  • Theoretical model for assessing properties of local structures in metalloprotein　AIP Conference Proceedings　1518巻　626頁　2013　査読無　研究論文（プロシーディング）　
  • Molecular dynamics analyses of the dissociation process of ADP from Hsp90　INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY　112巻　24号　3791頁　2012/12　査読無　研究論文（学術雑誌）　
  • Theoretical study on interaction of cytochrome f and plastocyanin complex by a simple coarse-grained model with molecular crowding effect　Molecular Physics　116巻　5-6号　666頁　2018/03/19　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • A coarse-grained model of the effective interaction for charged amino acid residues and its application to formation of GCN4-pLI tetramer　Molecular Physics　116巻　5-6号　649頁　2018/03/19　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • A theoretical study on redox potential and pKa of [2Fe-2S] cluster model from iron-sulfur proteins　Isman Kurniawan,Isman Kurniawan,Kazutomo Kawaguchi,Mitsuo Shoji,Toru Matsui,Yasuteru Shigeta,Hidemi Nagao　Bulletin of the Chemical Society of Japan　91巻　9号　1451頁　2018/01/01　査読無　研究論文（学術雑誌）　
  • A simple coarse-grained model for interacting protein complex　MOLECULAR PHYSICS　115巻　5号　587頁　2017　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Decomposition analysis of free energy profile for Hsp90-ADP association　MOLECULAR SIMULATION　42巻　11号　896頁　2016　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Analysis of water molecules around GTP in Hras-GTP complex and GDP in Hras-GDP complex by molecular dynamics simulations　MOLECULAR PHYSICS　112巻　3-4号　526頁　2014/02　査読無　研究論文（学術雑誌）　
  • Theoretical studies on electronic structure and properties of type I copper center in copper proteins　KURNIAWAN Isman,Kawaguchi Kazutomo,SUGIMORI Kimikazu,SAKURAI Takeshi,Nagao Hidemi　The Science Reports of Kanazawa University = The Science Reports of Kanazawa University　63号　1頁　2019　
  • The Study of the Octanol-Water Partition Coefficient by the Computational Chemistry Method　Journal of Computer Chemistry, Japan　18巻　5号　241頁　2019　研究論文（学術雑誌）　
  • Quantum Chemical Study of Axial Ligand Effect on the Electronic Properties of Type I Copper Protein　Kurniawan Isman,Kawaguchi Kazutomo,Sugimori Kimikazu,Sakurai Takeshi,Nagao Hidemi　CHEMISTRY LETTERS　47巻　9号　1172頁　2018/09　査読有
  • Theoretical Study of Complex Aspirin and Hydroxypropyl-β-cyclodextrin in Solvent Phase　Journal of Physics: Conference Series　2207巻　1号　012022頁　2022/03/01　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Theoretical study of conformational transition of CDK4 by association of cyclin D3　Kawaguchi Kazutomo,Arwansyah Muhammad Saleh,Kataoka Tatsuki,Nagao Hidemi　MOLECULAR PHYSICS　117巻　17号　2355頁　2019/09/02　査読有
  • Conformation of ultra-long-chain fatty acid in lipid bilayer: Molecular dynamics study　The Journal of Chemical Physics　153巻　16号　165101頁　2020/10/28　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Theoretical Study of Dissociation Process of Plastocyanins by PaCS-MD Simulation　Journal of Physics: Conference Series　2207巻　1号　012021頁　2022/03/01　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Free energy profiles of lipid translocation across pure POPC and POPC/CHOL bilayer: all-atom molecular dynamics study　Hiroaki Saito,Tetsuya Morishita,Taku Mizukami,Ken-ichi Nishiyama,Kazutomo Kawaguchi,Hidemi Nagao　IOP Conf. Series: Journal of Physics: Conf. Series　1290号　012020頁　2019/11　査読有　研究論文（プロシーディング）

講演・口頭発表等

  • アミノ酸変異による結合自由エネルギー変化に関する理論的研究(会議名：2023年度 生物物理学会中部支部講演会)(2024/03/19)
  • Molecular dynamics study of ultra-long-chain fatty acids in lipid bilayer(会議名：9th International Discussion Meeting on Relaxation in Complex Systems)(2023/08/18)
  • アミノ酸変異によるタンパク質複合体の結合自由エネルギー変化(会議名：第37回分子シミュレーション討論会)(2023/12/04)
  • Binding free energy calculation for mutated protein complex system(会議名：第61回日本生物物理学会年会)(2023/11/14)
  • Development of Coarse-grained model for protein complex(会議名：20th IUPAB Congress)(2021/10/04)

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  • Coarse-grained model for protein-nucleotide interaction(会議名：XXXII IUPAP Conference on Computational Physics)(2021/08/01)
  • Theoretical study of complex formation of Plastocyanin and Cytochrome f(会議名：第59回日本生物物理学会年会)(2021/11/25)
  • Theoretical study of electron transport between cytochrome f and plastocyanin by using a coarse-grained simulation(会議名：第58回日本生物物理学会年会)(2020/09/16)
  • 分子動力学法による 静止膜電位に関する研究 (会議名：第13回分子科学討論会)(2019/09/17)
  • Conformational transition of cdk4 by using coarse-grained simulations(会議名：第57回日本生物物理学会年会)(2019/09/24)
  • タンパク質間相互作用の粗視化モデルの開発と応用(会議名：日本物理学会秋季大会)(2019/09/10)
  • 分子動力学法による静止膜電位に関する研究(会議名：日本生物物理学会平成30年度中部支部講演会)(2019/03/26)
  • 粗視化シミュレーションを用いた cyclin D3によるCDK4の活性化機構の解明(会議名：第32回分子シミュレーション討論会)(2018/11/28)
  • Theoretical study on a resting membrane potential by using all-atom molecular dynamics simulations(会議名：第56回日本生物物理学会年会)(2018/09/15)
  • 脂質二重層膜とイオンに関する理論的研究(会議名：生体界面研究会)(2017/07/06)
  • 分子動力学法による静止膜電位に関する研究(会議名：平成29年度生物物理学会中部支部講演会)(2018/03/05)
  • Theoretical Study of Intermolecular Interaction for Protein Systems (会議名：International Workshop on Computational Science 2017)(2017/02/15)
  • Goldman-Hodgkin-Katz方程式から得られる 静止膜電位の分子動力学シミュレーション(会議名：第31回分子シミュレーション討論会)(2017/11/29)
  • Development of a coarse-grained model for charged amino acid residues(会議名：第55回日本生物物理学会年会)(2017/09/19)
  • 全原子MDを用いたタンパク質間 相互作用の粗視化モデルの構築(会議名：凝縮系の理論化学)(2017/04/08)
  • タンパク質間相互作用の粗視化モデルに関する理論的研究(会議名：第10回分子科学討論会)(2016/09/13)

その他（報告書など）

  • タンパク質複合体の会合・解離ダイナミクスと中間体構造予測　日本物理学会誌　78巻　8号　2023/08/01　①速報,短報,研究ノート等（学術雑誌）
  • Conformation of Ultra-Long Chain Fatty Acid in Lipid Bilayer　Activity Report 2022 Institute for Solid State Physics, The University of Tokyo 　2023/07/01　②速報,短報,研究ノート等（大学，研究機関紀要）
  • Molecular Dynamics Study of Ultra-Long Chain Fatty Acid in Lipid Bilayer　Activity Report 2022 Supercomputer Center, Institute for Solid State Physics, The University of Tokyo 　2023/06/01　②速報,短報,研究ノート等（大学，研究機関紀要）

芸術・フィールドワーク

特許

共同研究希望テーマ

○生体分子の分子動力学シミュレーション

科研費

○基盤研究(C)（一般）「分子動力学計算によるアミノ酸変異タンパク質複合体の結合自由エネルギーシフトの予測」(2023-2025)　代表者

競争的資金・寄付金等

共同研究・受託研究実績

○分子動力学シミュレーションによる気体の安定性に関する研究(2022-2022)

A-STEP採択課題

学域・学類担当授業科目

○プレゼン・ディベート論（初学者ゼミⅡ）(2021)
○初学者ゼミⅠ(2021)
○アカデミックスキル(2021)
○プレゼン・ディベート論(2021)
○計算実験２(2021)
○力学演習２(2021)
○計算実験２(2020)
○力学演習２(2020)
○特別講義(2020)
○力学演習２(2019)
○計算実験２(2019)
○計算実験２(2018)
○力学演習２(2018)
○計算実験課題研究(2018)
○計算実験課題研究(2017)
○力学演習２(2017)
○計算実験２(2017)
○力学演習２(2016)
○計算実験課題研究(2016)
○計算実験２(2016)
○計算実験課題研究(2015)
○計算実験２(2015)
○力学演習２(2015)
○数物科学の世界(2015)
○コンピュータにより拓かれた新しい科学(2014)
○数物科学の世界(2014)
○計算実験２(2014)
○計算実験課題研究(2014)
○力学演習２(2014)
○コンピュータにより拓かれた新しい科学(2013)
○計算実験課題研究(2013)
○熱統計力学演習２(2013)
○数物科学の世界(2013)
○計算実験２(2013)
○コンピュータにより拓かれた新しい科学(2012)
○数物科学の世界(2012)
○物理学実験(2012)
○計算実験２(2012)
○計算実験課題研究(2012)
○熱統計力学演習２(2012)
○コンピュータにより拓かれた新しい科学(2011)
○熱統計力学演習２(2011)
○計算実験２(2011)
○数物科学の世界(2011)
○熱統計力学演習２(2010)
○計算実験２(2010)
○計算科学特論(2010)
○熱統計力学演習２(2010)

大学院担当授業科目

○計算理学概論ｂ(2021)
○計算バイオ科学ｂ(2021)
○計算バイオ科学ａ(2021)
○高度先端計算科学概論ｂ(2021)
○計算バイオ科学Ａ(2021)
○計算理学概論ａ(2021)
○計算バイオ科学Ｂ(2021)
○応用計算科学ｂ(2021)
○課題研究Ｂ(2021)
○課題研究Ｂ(2021)
○サイエンスプレゼンテーションＢ(2021)
○サイエンスプレゼンテーションＢ(2021)
○高度先端計算科学概論ａ(2021)
○応用計算科学ａ(2021)
○サイエンスプレゼンテーションＢ(2020)
○サイエンスプレゼンテーションＢ(2020)
○計算バイオ科学Ｂ(2020)
○計算バイオ科学Ａ(2020)
○課題研究Ｂ(2020)
○高度先端計算科学概論ｂ(2020)
○計算バイオ科学ｂ(2020)
○計算科学特別講義(2020)
○応用計算科学ｂ(2020)
○応用計算科学ａ(2020)
○課題研究Ｂ(2020)
○高度先端計算科学概論ａ(2020)
○計算バイオ科学ａ(2020)
○課題研究Ｂ(2019)
○計算バイオ科学ｂ(2019)
○応用計算科学ａ(2019)
○応用計算科学ｂ(2019)
○高度先端計算科学概論ａ(2019)
○サイエンスプレゼンテーションＢ(2019)
○サイエンスプレゼンテーションＢ(2019)
○高度先端計算科学概論ｂ(2019)
○課題研究Ｂ(2019)
○計算バイオ科学ａ(2019)
○課題研究Ｂ(2018)
○演習Ｂ(2018)
○連携科目(2018)
○計算理学概論ａ(2018)
○計算理学概論ｂ(2018)
○高度先端計算科学概論ａ(2018)
○高度先端計算科学概論ｂ(2018)
○計算バイオ科学ａ(2018)
○計算バイオ科学ｂ(2018)
○応用計算科学ａ(2018)
○応用計算科学ｂ(2018)
○ゼミナールＢ(2018)
○演習Ｂ平成２９年度入学生用(2017)
○高度先端計算科学概論ｂ(2017)
○課題研究Ｂ平成２９年度入学生用(2017)
○高度先端計算科学概論ａ(2017)
○ゼミナールＢ平成２９年度入学生用(2017)
○計算理学概論ａ(2016)
○課題研究Ｂ平成２８年度入学生用(2016)
○計算バイオ科学ａ(2016)
○計算理学概論ｂ(2016)
○計算バイオ科学ｂ(2016)
○ゼミナールＢ平成２８年度入学生用(2016)
○応用計算科学ａ(2016)
○応用計算科学ｂ(2016)
○演習Ｂ平成２８年度入学生用(2016)
○高度先端計算科学概論ａ(2016)
○高度先端計算科学概論ｂ(2016)
○ゼミナールＢ平成２７年度入学生用(2015)
○演習Ｂ平成２７年度入学生用(2015)
○課題研究Ｂ平成２７年度入学生用(2015)
○計算理学概論(2015)
○高度先端計算科学概論(2015)
○計算バイオ科学(2014)
○計算理学概論(2014)
○高度先端計算科学概論(2014)
○演習Ｂ平成２６年度入学生用(2014)
○ゼミナールＢ平成２６年度入学生用(2014)
○課題研究Ｂ平成２６年度入学生用(2014)
○演習Ｂ平成２５年度入学生用(2013)
○課題研究Ｂ平成２５年度入学生用(2013)
○ゼミナールＢ平成２５年度入学生用(2013)
○計算バイオ科学(2013)
○高度先端計算科学概論(2013)
○課題研究Ｂ平成２４年度入学生用(2012)
○演習Ｂ平成２４年度入学生用(2012)
○ゼミナールＢ平成２４年度入学生用(2012)
○ゼミナールＢ(2012)
○演習Ｂ(2012)
○課題研究Ｂ(2012)
○高度先端計算科学概論(2012)
○課題研究(2011)

他大学の客員教授

教育活動（FD）に関する研究

国際事業協力

留学生参加の社会活動

審議会等の参加

講演可能なテーマ

その他公的社会活動

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