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研究者情報

データ更新日:2024年06月23日

古寺 哲幸 (こでら のりゆき) 教授 KODERA Noriyuki

メール 研究室ウェブサイト
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所属組織・役職等

ナノ生命科学研究所  ナノ計測学

教育分野

【学士課程】
理工学域 数物科学類 物理学コース
【大学院前期課程】
自然科学研究科 数物科学専攻
【大学院後期課程】
自然科学研究科 数物科学専攻

所属研究室等

生物物理学研究室

学歴

【出身大学院】
金沢大学 博士課程 自然科学研究科 物質構造科学専攻 2005/09 修了
金沢大学 修士課程 自然科学研究科 数物科学専攻 2003/03 修了
【出身大学】
金沢大学 理学部 物理学科 2001/03 卒業
【取得学位】
博士(理学)

職歴

金沢大学 理工研究域 バイオAFM先端研究センター 准教授(2011/08/01-)
金沢大学 理工研究域 バイオAFM先端研究センター 助教(2010/10/01-2011/07/31)
金沢大学 理工研究域 数物科学系 助教(2010/04/01-2010/09/30)
科学技術振興機構-CREST 博士研究員(2007/04/01-2010/03/30)
日本学術振興会 特別研究員(PD)(2005/10/01-2007/03/30)
日本学術振興会 特別研究員(DC2)(2005/04/01-2005/09/30)

生年月

1978年10月

所属学会

日本生物物理学会 学会誌「生物物理」地区編集委員(2012-)
米国生物物理学会
応用物理学会

学内委員会委員等

受賞学術賞

○第14回(平成29年度)日本学術振興会賞(2018/02/07)
○日本生物物理学会第9回若手奨励賞(2013/10/29)
○平成25年度 文部科学大臣表彰 科学技術賞 開発分野(2013/04/16)
○平成23年度ナノプローブテクノロジー奨励賞(2012/04/19)
○褒章内田賞(2012/02/18)
○JJAP論文賞(2007/07/06)
○2003年「日経BP技術賞」医療・バイオ部門(2003/04/04)

専門分野

生物物理学

専門分野キーワード

高速原子間力顕微鏡,一分子計測,生物物理,原子間力顕微鏡,分子モーター

研究課題

高速原子間力顕微鏡の開発と生体分子の構造ダイナミクスの直接観察

高速原子間力顕微鏡の開発と生体分子の構造ダイナミクスの直接観察 我々は,生体分子(DNA, RNAやタンパク質)の‘構造’と‘動き’を同時に観察することができる高速原子間力顕微鏡を開発しています.また,この新しい顕微鏡を用いて,機能中の生体分子の構造形態を観察し,その機能メカニズムを解明する研究に取り組んでいます.左の映像は,細胞の中で物質輸送を担うミオシンVというタンパク質が,アクチンフィラメントの上を歩く様子を捉えたものです.この結果は,2010年11月にNature誌に掲載されました.これまでに撮影された他の生体分子の映像も研究室のWebsiteでご覧いただけます.

著書

  • The Role of Water in ATP Hydrolysis Energy Transduction by Protein Machinery Springer Singapore 2018/05/08 原著書 単著 TQP. Uyeda, KX. Ngo, N. Kodera, K. Tokuraku 978-981-10-8459-1
  • Noncontact Atomic Force Microscopy Springer 2015 原著書 編著 Uchihashi, T., Kodera, N., Ando, T. 978-3-319-15587-6
  • Atomic Force Microscopy in Nanobiology Pan Stanford Publishing 2014 原著書 編著 Uchihashi, T., Kodera, N., Ando, T. 9789814411585
  • Single-molecule Studies of Proteins Springer New York 2013/01 編著 Takayuki Uchihashi, Noriyuki Kodera, Toshio Ando 978-1-4614-4920-1
  • Intrinsically Disordered Protein Analysis : Volume 2, Methods and Experimental Tools Humana Press 2012/07 原著書 編著 Toshio Ando, N. Kodera 978-1-4614-3703-1

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  • Atomic force microscopy in liquid Wiley-VCH Verlag GmbH  2011/12 原著書 編著 T. Ando, T. Uchihashi, N. Kodera, M. Shibata, D. Yamamoto, H. Yamashita 3527327584
  • Single Molecule Dynamics in Life Science Wiley-VCH 2008/12 編著 T. Ando, T. Uchihashi, N. Kodera, D. Yamamoto, M. Taniguchi, A. Miyagi, H. Yamashita 3-527-31288-9

論文

  • Dynamic mechanisms of CRISPR interference by Escherichia coli CRISPR-Cas3. Nature communications 13巻 1号 4917頁 2022/08/30 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Guide to studying intrinsically disordered proteins by high-speed atomic force microscopy. Methods (San Diego, Calif.) 207巻 44頁 2022/08/30 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • High-speed atomic force microscopy reveals a three-state elevator mechanism in the citrate transporter CitS. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119巻 6号 2022/02/08 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Visualization of intrinsically disordered proteins by high-speed atomic force microscopy. Current opinion in structural biology 72巻 260頁 2022/01/05 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • An ultrafast piezoelectric Z-scanner with a resonance frequency above 1.1 MHz for high-speed atomic force microscopy Review of Scientific Instruments 93巻 1号 013701頁 2022/01/01 査読有 研究論文(学術雑誌) 

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  • Architecture of zero-latency ultrafast amplitude detector for high-speed atomic force microscopy Applied Physics Letters 119巻 18号 181602頁 2021/11/01 査読有 研究論文(学術雑誌) 
  • Movements of Mycoplasma mobile Gliding Machinery Detected by High-Speed Atomic Force Microscopy. mBio 12巻 3号 e0004021頁 2021/05/28 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Native cyclase-associated protein and actin from Xenopus laevis oocytes form a unique 4:4 complex with a tripartite structure. The Journal of biological chemistry 100649頁 2021/04/08 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Chained Structure of Dimeric F1-like ATPase in Mycoplasma mobile Gliding Machinery. mBio e0141421頁 2021/07/20 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Structural and dynamics analysis of intrinsically disordered proteins by high-speed atomic force microscopy. Nature nanotechnology 16巻 2号 181頁 2021/02 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Direct visualization of translational GTPase factor pool formed around the archaeal ribosomal P-stalk by high-speed AFM. Hirotatsu Imai,Toshio Uchiumi,Noriyuki Kodera Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 117巻 51号 32386頁 2020/12/22 査読有
  • Molecular and Functional Analysis of Pore-Forming Toxin Monalysin From Entomopathogenic Bacterium Pseudomonas entomophila. Frontiers in immunology 11巻 520号 520頁 2020 査読有 研究論文(学術雑誌)
  • Visualizing dynamic actin cross-linking processes driven by the actin-binding protein anillin. FEBS letters 594巻 8号 1237頁 2020/04 査読有
  • Insight into structural remodeling of the FlhA ring responsible for bacterial flagellar type III protein export Terahara, N. Inoue, Y. Kodera, N. Morimoto, Y. V. Uchihashi, T. Imada, K. Ando, T. Namba, K. Minamino, T. Sci. Adv. 4巻 4号 eaao7054頁 2018/04/25 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌) 
  • Na+-induced structural transition of MotPS for stator assembly of the Bacillus flagellar motor Terahara, N. Kodera, N. Uchihashi, T. Ando, T. Namba, K. Minamino, T. Sci. Adv. 3巻 11号 eaao4119頁 2017/11/01 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌) 
  • Real-space and real-time dynamics of CRISPR-Cas9 visualized by high-speed atomic force microscopy Shibata, M. Nishimasu, H. Kodera, N. Hirano, S. Ando, T. Uchihashi, T. Nureki, O. Nature communications 8巻 1号 1430頁 2017/11/10 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌) 
  • CYK4 Promotes Antiparallel Microtubule Bundling by Optimizing MKLP1 Neck Conformation T. Davies, N. Kodera, GS. Kaminski Schierle, E. Rees, M. Erdelyi, CF. Kaminski, T. Ando, M. Mishima PLoS Biol. 13巻 e1002121頁 2015/04 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌) 
  • Cofilin-induced unidirectional cooperative conformational changes in actin filaments revealed by high-speed atomic force microscopy KX. Ngo, N. Kodera, E. Katayama, T. Ando, TQ. Uyeda eLife 4巻 04806頁 2015/02 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌) 
  • Two-ball structure of the flagellar hook-length control protein flik as revealed by high-speed atomic force microscopy N. Kodera, K. Uchida, T. Ando, S. Aizawa J. Mol. Biol. 427巻 2号 406-414頁 2015/01/30 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌) 
  • The path to visualization of walking myosin V by high-speed atomic force microscopy N. Kodera, T. Ando Biophys. Rev. 6巻 42067号 237-260頁 2014/01/01 査読有 総説 研究論文(学術雑誌) 
  • IgGs are made for walking on bacterial and viral surfaces J. Preiner, N. Kodera, J. Tang, A. Ebner, M. Brameshuber, D. Blaas, N. Gelbmann, HJ. Gruber, T. Ando, P. Hinterdorfer Nature Communications 5巻 4394頁 2014/07 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌) 
  • High-Speed AFM and Applications to Biomolecular Systems T. Ando, T. Uchihashi, N Kodera Ann. Rev. Biophys. 42巻 1号 393-414頁 2013/05 査読有 総説 研究論文(学術雑誌) 
  • Phosphorylation-Coupled Intramolecular Dynamics of Unstructured Regions in Chromatin Remodeler FACT M. Hashimoto, N. Kodera, Y. Tsunaka, M. Oda, M. Tanimoto, T. Ando, K. Morikawa, S. Tate Biophys. J. 104巻 10号 2222-2234頁 2013/05 査読有 研究論文(学術雑誌) 
  • Guide to video recording of structure dynamics and dynamic processes of proteins by high-speed atomic force microscopy Uchihashi, T. Kodera, N. Ando, T. Nature Protocols 7巻 6号 1193-1206頁 2012/06 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌) 
  • Video imaging of walking myosin V by high-speed atomic force microscopy Kodera, N., Yamamoto, D., Ishikawa, R. & Ando, T. Nature 468巻 72-76頁 2010/11 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌) 
  • Dynamic proportional-integral-differential controller for high-speed atomic force microscopy Kodera, N., Sakashita, M. & Ando, T. Rev. Sci. Instrum. 77巻 083704頁 2006/08 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌) 
  • Active damping of the scanner for high-speed atomic force microscopy Kodera, N., Yamashita, H. & Ando, T. Rev. Sci. Instrum. 76巻 053708頁 2005/04 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • A high-speed atomic force microscope for studying biological macromolecules Ando, T., Kodera, N., Takai, E., Maruyama, D., Saito, K. & Toda, A. Proc. Natl Acad. Sci. USA 98巻 22号 12468-12472頁 2001/10 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌) 

講演・口頭発表等

  • 古寺哲幸, and 安藤敏夫 (2012年5月31日~6月1日). 高速AFMによる天然変性タンパク質の研究. 「天然変性蛋白質」第3回領域会議 北広島クラッセホテル, 北海道.(2012)
  • Dora, S.K., Kodera, N., Bloquel, D., Habchi, J., Gruet, A., Longhi, S., and Ando, T. (2012年9月22日~9月24日). High-speed AFM observation of intrinsically disordered proteins (NTAIL-GFP, PNT-GFP and SIC1-GFP). 第50回日本生物物理学会年会 名古屋大学・東山キャンパス, 名古屋.(2012)
  • Moriguchi, Y., Handa, N., Kodera, N., and Ando, T. (2012年9月22日~9月24日). Structural dynamics of RecBCD enzyme during DNA degradation processes studied by high-speed atomic force microscopy. 第50回日本生物物理学会年会 名古屋大学・東山キャンパス, 名古屋.(2012)
  • Nagashima, Y., Saito, T., Kodera, N., and Ando, T. (2012年9月22日~9月24日). Basic research for the development of high-speed ultrasonic AFM. 第50回日本生物物理学会年会 名古屋大学・東山キャンパス, 名古屋.(2012)
  • Sakiyama, Y., Kodera, N., Sato, O., Mitsuo, I., and Ando, T. (2012年9月22日~9月24日). Direct observation of walking behavior of myosin X by high-speed atomic force microscopy. 第50回日本生物物理学会年会 名古屋大学・東山キャンパス, 名古屋.(2012)

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  • Tahara, Y., Kodera, N., Ando, T., and Miyata, M. (2013年1月20日~25日). Structure of proteins involved in mycoplasma mobile gliding revealed by electron microscopy and high speed atomic force microscopy (AFM). BLAST XII meeting Hilton Tucson East Hotel, Tucson, AZ, USA.(2012)
  • 野島達也, 紺野宏記, 古寺哲幸, 清尾康志, 田口英樹, and 吉田賢右 (2012年11月21日~22日). DNA構造によるタンパク質の柔軟な連結. 「細胞を創る」研究会50 東京工業大学・すずかけ台キャンパス, 横浜. (2012)
  • Ando, T., Uchihashi, T., and Kodera, N. (2012年6月15日~18日). High-speed atomic force microscopy for biology. International Scanning Probe Microscopy Conference Toronto, Canada.(2012)
  • Kodera, N., Dora, S., and Ando, T. (2012年11月5日~11月8日). Imaging study on intrinsically disordered proteins by high-speed atomic force microscopy. 3rd Kanazawa Bio-AFM Workshop Kanazawa, Japan.(2012)
  • Kodera, N., Dora, S., and Ando, T. (2013年2月15日~2月18日). Intrinsically disordered proteins studied by high-speed atomic force microscopy. XV Annual Linz Winter Workshop Linz, Austria. (2012)
  • Ando, T., and Kodera, N. (2012年8月23日~24日). High-speed AFM and mechanochemical coupling in walking myosin V. UK-Japan symposium for mechanochemical cell biology Scarman House, Univ. of Warwick, UK.(2012)
  • 安藤敏夫, 内橋貴之, and 古寺哲幸 (2013年3月24). 生物試料の高速・超解像度AFM観察. 第93春季日本化学会年会アドバンスト・テクノロジー・プログラム 新材料開発最前線(自己組織化技術、融合マテリアルが支えるバイオミメティクス研究の最前線) 立命館大学くさつキャンパス.(2012)
  • 古寺哲幸 (2012年9月24日). 高速スキャンAFM. 平成24年度 新学術領域研究 キックオフミーティング 運動超分子マシナリーが織りなす調和と多様性 名古屋大学.(2012)
  • 古寺哲幸 (2012年10月18~19日). (受賞講演)高速AFMによるミオシンVの運動機構に関する研究. ナノプローブテクノロジー第167委員会 第68回研究会 旅館清山コンベンションホール, 福島県.(2012)
  • 古寺哲幸 (2013年3月26~29日). 高速原子間力顕微鏡による生体分子のナノ動態撮影. 第68回日本物理学会年次大会 広島大学・東広島キャンパス.(2012)
  • 古寺哲幸, 田原悠平, 笠井大司, 宮田真人, 相沢慎一, and 安藤敏夫 (2012年12月14~16日). 高速原子間力顕微鏡(高速AFM)で捉えた運動マシナリー. 第85 回日本生化学会大会 福岡国際会議場, 福岡.(2012)
  • 古寺哲幸, 内橋貴之, and 安藤敏夫 (2012年9月21~22日). 高速原子間力顕微鏡による生体分子の構造ダイナミクスの観察. 高分子学会 バイオ・高分子研究会 三谷温泉・松風園, 愛知県.(2012)
  • 古寺哲幸, 内橋貴之, and 安藤敏夫 (2012年9月22~24日). Direct observation of structural dynamics of biological molecules by high-speed atomic force microscopy. 第50回日本生物物理学会年会 名古屋大学.(2012)
  • 古寺哲幸, 内橋貴之, and 安藤敏夫 (2012年10月24~25日). 高速原子間力顕微鏡による生体分子のライブイメージング. 生理研研究会「電子顕微鏡機能イメージングの医学・生物学への応用」 岡崎コンファレンスセンター, 岡崎. (2012)

その他(報告書など)

  • リアルタイム原子間力顕微鏡の開発とたんぱく質の機能動態イメージング 内橋貴之、古寺哲幸 光学 42巻 2号 89-94頁 2013/02/28 ⑭その他記事
  • 高速原子間力顕微鏡によるタンパク質の動態撮影 安藤敏夫、古寺哲幸 生物物理 51巻 022-025頁 2011/02/28 ⑭その他記事
  • 高速ビデオレートAFM 安藤敏夫、古寺哲幸 計測と制御 45巻 2号 99-104頁 2005/02/28 ⑭その他記事
  • 生体分子のナノ動態撮影-リアルタイムAFM- 安藤敏夫、古寺哲幸 バイオインダストリー 21巻 6号 10-19頁 2004/06/30 ⑭その他記事

芸術・フィールドワーク

特許

○振幅計測装置及び振幅計測方法(公開年月:2023/02/07)(出願国名:国内,外国,特許協力条約より出願)
○電気生理学的解析を可能にした原子間力顕微鏡(公開年月:2021/03/01)(出願国名:国内,外国,特許協力条約より出願)(特許番号:特許第7282371号)
○マニピュレータ機能付き原子間力顕微鏡(公開年月:2021/03/01)(出願国名:国内,外国,特許協力条約より出願)(特許番号:特許第7282370号)
○走査型プローブ顕微鏡(公開年月:2018/06/14)(出願国名:国内,外国,特許協力条約より出願)
○チャンバーアレイの製造方法(公開年月:2018/06/07)(出願国名:国内,外国,特許協力条約より出願)(特許番号:特許第6777310号)
○走査型プローブ顕微鏡およびZ駆動装置(公開年月:2021/01/14)(出願国名:国内,外国,特許協力条約より出願)(特許番号:特許第7273408号)
○昇温ホルダおよびプローブ顕微鏡(公開年月:2018/06/14)(出願国名:国内,外国,特許協力条約より出願)
○走査型プローブ顕微鏡(公開年月:2010/05/06)(出願国名:国内,外国,特許協力条約より出願)(特許番号:特許第5277378号)
○原子間力顕微鏡(出願国名:国内,外国,特許協力条約より出願)(特許番号:特許第4496350号)
○走査型プローブ顕微鏡およびカンチレバー駆動装置(出願国名:国内,外国,特許協力条約より出願)(特許番号:特許第5164147号)
○アクチュエータ制御方法及びその装置並びに走査型プローブ顕微鏡(公開年月:2005/07/14)(出願国名:国内,外国,特許協力条約より出願)(特許番号:特許第4455046号)

共同研究希望テーマ

○高速AFMによる生体分子の動態観察、顕微鏡装置の高性能化・高機能化

科研費

○基盤研究(A)(一般)「次世代型高速AFMの開発と生体分子の詳細機能動態解析」(2020-2023) 代表者
○挑戦的研究(萌芽)「高速AFMによる張力依存的な生体分子の動的振舞いの直接観察」(2017-2019) 代表者
○基盤研究(B)(一般)「高速AFMによる生体膜の形状に依存したタンパク質の離合集散メカニズムの解明」(2015-2017) 代表者
○若手研究(B)「高速原子間力顕微鏡による脚の短いプロセッシブミオシンの運動メカニズムの解明」(2012-2014) 代表者
○若手研究(スタートアップ)(2006-2009)「高速原子間力顕微鏡によるミオシン6の運動メカニズムの解明」(2010-2011) 代表者

競争的資金・寄付金等

○競争的資金(学外) (2013-) 研究 革新的分子イメージング法で解き明かすミオシンVの化学-力学エネルギー変換機構 戦略的創造研究推進事業 さきがけ
○助成金 (2012-2012) 研究 高速原子間力顕微鏡による生体分子の機能メカニズムの研究 日本人若手研究者研究助成金 (財)中島記念国際交流財団

共同研究・受託研究実績

A-STEP採択課題

学域・学類担当授業科目

○力学演習1(2021)
○物理実験1(2021)
○物理実験2(2021)
○生物物理学(2021)
○プレゼン・ディベート論(初学者ゼミⅡ)(2020)
○物理学Ⅰ(2017)
○初学者ゼミⅠ(2017)
○地域概論(2017)
○物理学実験(2010)

大学院担当授業科目

○ナノ生物物理学A(2021)
○ナノ生物物理学B(2021)
○ナノ生命科学特論(2021)
○生物物理学a(2021)
○生物物理学b(2021)
○生体分子ダイナミクスa(2021)
○先進ナノ診断開発論(2021)
○生体分子ダイナミクスb(2020)
○ナノバイオロジー(2020)

他大学の客員教授

教育活動(FD)に関する研究

国際事業協力

留学生参加の社会活動

審議会等の参加

講演可能なテーマ

その他公的社会活動

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