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研究者情報

データ更新日：2024年04月12日

広瀬　修　（ひろせ おさむ）　准教授　HIROSE, Osamu

研究室ウェブサイト

所属組織・役職等

理工研究域　生命理工学系
准教授

教育分野

【学士課程】
理工学域　生命理工学類　バイオ工学コース
【大学院前期課程】
自然科学研究科　電子情報科学専攻

所属研究室等

学歴

【出身大学院】
東京大学　情報理工学系研究科　コンピュータ科学　2008/03　修了
【出身大学】
九州大学　　物理学科　2003/03　卒業
【取得学位】
博士（情報理工学）

職歴

生年月

所属学会

Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE)
日本統計学会

学内委員会委員等

○広報委員(2016-2016)

受賞学術賞

専門分野

統計科学、生体生命情報学

専門分野キーワード

形状解析, ベイズ統計, 生命画像解析

研究課題

著書

論文

  • 測地線距離を利用した形状位置合わせ　広瀬　修　 文献情報 信学技報, IBISML2023-25　123巻　186号　1-8頁　2023/09　査読無　原著論文
  • Geodesic-Based Bayesian Coherent Point Drift　Osamu Hirose　IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence　45巻　5号　5816 - 5832頁　2022/10/13　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）　
  • Acceleration of non-rigid point set registration with downsampling and Gaussian process regression　Osamu Hirose　IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence　43巻　8号　2858 - 2865頁　2020/12/11　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）　
  • A Bayesian formulation of coherent point drift　Osamu Hirose　IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence　43巻　7号　2269 - 2286.頁　2020/02/06　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）　
  • SPF-CellTracker: Tracking multiple cells with strongly-correlated moves using a spatial particle filter　Osamu Hirose, Shotaro Kawaguchi, Terumasa Tokunaga, Yu Toyoshima, Takayuki Teramoto, Sayuri Kuge, Takeshi Ishihara, Yuichi Iino, Ryo Yoshida　IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics　15巻　6号　1822-1831頁　2017/12/11　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）　

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  • The RB-IL-6 axis controls self-renewal and endocrine therapy resistance by fine-tuning mitochondrial activity　Kitajima S, Yoshida A, Kohno S, Li F, Suzuki S, Nagatani N, Nishimoto Y, Sasaki N, Muranaka H, Wan Y, Thai T C, Okahashi N, Matsuda F, Shimizu H, Nishiuchi T, Suzuki Y, Tominaga K, Gotoh N, Suzuki M, Ewen M E, Barbie D A, Hirose O, Tanaka T and Takahashi C.　 Oncogene 　36巻　5145--5157頁　2017/05/08　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • MicroRNA-140 mediates RB tumor suppressor function to control stem cell-like activity through interleukin-6　Yoshida A, Kitajima S, Li F, Cheng C, Takegami Y, Kohno S, Wan YS, Hayashi N, Muranaka H, Nishimoto Y, Nagatani N, Nishiuchi T, Thai TC, Suzuki S, Nakao S, Tanaka T, Hirose O, Barbie DA, Takahashi C　Oncotarget　8巻　8号　13872-13885頁　2017/02/21　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Accurate automatic detection of densely distributed cell nuclei in 3D space　Yu Toyoshima, Terumasa Tokunaga, Osamu Hirose, Manami Kanamori, Takayuki Teramoto, Moon Sun Jang, Sayuri Kuge, Takeshi Ishihara, Ryo Yoshida and Yuichi Iino　PLoS Computational Biology　12巻　6号　1-20頁　2016/06/06　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Inflammation in gastric cancer: Interplay of the COX-2/prostaglandin E2 and Toll-like receptor/MyD88 pathways　Kanae Echizen, Osamu Hirose, Yusuke Maeda and Masanobu Oshima　Cancer Science　107巻　4号　391-397頁　2016/03/18　査読有　原著論文
  • Myeloid differentiation factor 88 signaling in bone marrow-derived cells promotes gastric tumorigenesis by generation of inflammatory microenvironment　Yusuke Maeda, Kanae Echizen, Hiroko Oshima, Liang Yu, Natthiya Sakulsak, Osamu Hirose, Yoichi Yamada, Tadatsugu Taniguchi, Brendan J. Jenkins, Hideyuki Saya and Masanobu Oshima　Cancer Prevention Research　9巻　3号　253-263頁　2016/03/09　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Factors to preserve CpG-rich sequences in methylated CpG islands　Hiroki Miyahara, Osamu Hirose, Kenji Satou, and Yoichi Yamada　16巻　1号　1-15頁　2015/02/28　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Automated detection and tracking of many cells by using 4D live-cell imaging data　徳永旭将(1)，広瀬修(2) ほか８名　Bioinformatics　30巻　43-51頁　2014/06　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • TIGAR: transcript isoform abundance estimation method with gapped alignment of RNA-Seq data by variational Bayesian inference　Naoki Nariai, Osamu Hirose, Kaname Kojima, Masao Nagasaki　Bioinformatics　2013/08　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • EpicCapo: Epitope Prediction using Combined Information of Amino Acid Pairwise Contact Potentials and HLA-Peptide Contact Site Information　Saethang, Hirose 他8名　BMC Bioinformatics　2012/11　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • SiGN-SSM: open source parallel software for estimating gene networks with state space models　Yoshinori Tamada, Rui Yamaguchi, Seiya Imoto, Osamu Hirose, Ryo Yoshida, Masao Nagasaki, Satoru Miyano　SiGN-SSM: open source parallel software for estimating gene networks with state space models.　2011/02　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • PAAQD: Predicting immunogenicity of MHC class I binding peptides using amino acid pairwise contact potentials and quantum topological molecular similarity descriptors.　Saethang T,Hirose O,Kimkong I,Tran VA,Dang XT,Nguyen LA,Le TK,Kubo M,Yamada Y,Satou K　J Immunol Methods　387巻　1-2号　293-302頁
  • Prediction of Carbohydrate-Binding Proteins from Sequences Using Support Vector Machines　Seizi Someya, Masanori Kakuta, Mizuki Morita, Kazuya Sumikoshi, Cao Wei, Ge Zhenyi, Osamu Hirose, Shugo Nakamura, Tohru Terada, Kentaro Shimizu　Prediction of Carbohydrate-Binding Proteins from Sequences Using Support Vector Machines　2010/01
  • A Self-organizing State Space Approach to Inferring Time-Varying Causalities between Regulatory Proteins　Osamu Hirose, Kentaro Shimizu　A Self-organizing State Space Approach to Inferring Time-Varying Causalities between Regulatory Proteins　6266巻　158-171頁　2010/09　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Statistical inference of transcriptional module-based gene networks from time course gene expression profiles by using state space models.　Statistical inference of transcriptional module-based gene networks from time course gene expression profiles by using state space models.　24巻　7号　932--942頁　2008/05　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Analyzing Time Course Gene Expression Data with Biological and Technical Replicates to Estimate Gene Networks by State Space Models.　Osamu Hirose, Ryo Yoshida, Rui Yamaguchi, Seiya Imoto, Tomoyuki Higuchi, Satoru Miyano　Analyzing Time Course Gene Expression Data with Biological and Technical Replicates to Estimate Gene Networks by State Space Models.　2008/01　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Clustering samples characterized by time course gene expression profiles using the mixture of state space models.　Osamu Hirose, Ryo Yoshida, Rui Yamaguchi, Seiya Imoto, Tomoyuki Higuchi, Satoru Miyano　Clustering samples characterized by time course gene expression profiles using the mixture of state space models.　18巻　258-266頁　2007/02　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Estimating Gene Networks from Expression Data and Binding Location Data via Boolean Networks.　Osamu Hirose, Naoki Nariai, Yoshinori Tamada, Hideo Bannai, Seiya Imoto, Satoru Miyano　Estimating Gene Networks from Expression Data and Binding Location Data via Boolean Networks.　2005/05　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Erratum to “A Bayesian Formulation of Coherent Point Drift”　Osamu Hirose　IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence　43巻　9号　3273頁　2021/08/04　研究論文（学術雑誌）

講演・口頭発表等

  • 測地線距離を利用した形状位置合わせ(会議名：IBISML)(2023/09)
  • 形状位置合わせの高速化と形状合成への応用(会議名：2021年度統計関連連合大会)(2021/09/07)
  • 近傍点共変動法の一般化および高速化(会議名：電子情報通信学会研究会 IEICE-[ML/IE/SIP/BioX], IST, ME 合同研究会)(2020/05/28)
  • 点群マッチング問題の正規マルコフ確率場による定式化(会議名：2019年度統計関連学会連合大会)(2019/09/08)
  • 統計的形状モデルを利用した大規模点群レジストレーションとその高速化(会議名：融合する統計科学)(2018/11/30)

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  • 形状事前分布を利用した頑健な点群レジストレーション手法の開発(会議名：統計関連学会連合大会)(2018/09/09)
  • 形状事前分布を利用した高速な点群マッチング手法の開発(会議名：2018年度人工知能学会全国大会（第３２回）)(2018/06/05)
  • 形状事前分布を利用した 3D 形状復元アルゴリズムの開発(会議名：情報処理学会第80回全国大会)(2018/03/15)
  • 形状事前分布を利用した頑健な点群マッチング手法の開発(会議名：人工知能学会 第105回人工知能基本問題研究会(SIG-FPAI))(2018/01/28)
  • 変位場の滑らかさを前提としない頑健な点群マッチング手法の開発(会議名：2017年度 人工知能学会全国大会（第31回）)(2017/05/24)
  • SPF-CellTracker: Tracking multiple cells with strongly-correlated moves using a spatial particle filter(会議名：Bioimage informatics conference 2015)(2015/10/14)
  • SPF-CellTracker: Tracking multiple cells with strongly-correlated moves using a spatial particle filter(会議名：GIW/InCoB 2015)
  • 空間粒子フィルタによる多数の細胞の同時追跡(会議名：バイオイメージ・インフォマティクス　ワークショップ 2015)(2015/06/18)
  • 空間粒子フィルタによる多数の細胞の同時追跡(会議名：情報論的学習理論と機械学習研究会)(2015/06/23)
  • 4Dライブセルイメージングデータ内の非常に多数の細胞を自動追跡するための空間粒子フィルタ手法の開発(会議名：2014年度統計関連学会連合大会)(2014/09/13)
  • 3次元動画像内の非常に多数の細胞領域を自動追跡するための粒子フィルタ手法の開発(会議名：2014年度人工知能学会全国大会)(2014/05/12)

その他（報告書など）

芸術・フィールドワーク

特許

共同研究希望テーマ

科研費

○基盤研究(B)「高品質な3次元形状を自動作成するための基盤技術開発」(2022-2025)　代表者
○若手研究(B)「線虫の神経細胞に対する細胞核自動アノテーションのための人工知能技術の開発」(2017-2021)　代表者
○若手研究(B)「4Dライブセルイメージングデータ内の非常に多数の細胞の自動追跡手法の開発」(2015-2016)　代表者
○研究活動スタート支援「レクチン・複合糖鎖結合予測のための統計的方法論の開発」(2012-2013)　代表者

競争的資金・寄付金等

共同研究・受託研究実績

A-STEP採択課題

学域・学類担当授業科目

○データサイエンスＡ(2020)
○バイオインフォマティクスＢ(2020)
○バイオプログラミングＣ(2020)
○バイオインフォマティクスＤ(2020)
○バイオプログラミングＤ(2020)
○バイオインフォマティクスＡ(2020)
○バイオインフォマティクスＣ(2020)
○バイオ工学研究概論(2020)
○データサイエンスＢ(2020)
○バイオ工学基礎Ａ(2020)
○生命理工学概論Ｂ(2020)
○バイオ工学基礎Ｂ(2020)
○ゲノム情報処理(2019)
○生命理工学概論Ｂ(2019)
○プレゼン・ディベート論（初学者ゼミⅡ）(2019)
○データサイエンスＢ(2019)
○バイオ工学基礎Ｂ(2019)
○データサイエンスＡ(2019)
○バイオ工学基礎Ａ(2019)
○情報システム工学実験第１(2018)
○生命理工学概論Ｂ(2018)
○ゲノム情報処理(2018)
○情報システム工学実験第１(2018)
○ゲノム情報処理(2018)
○初学者ゼミⅠ(2018)
○プレゼン・ディベート論（初学者ゼミⅡ）(2018)
○プレゼン・ディベート論（初学者ゼミⅡ）(2017)
○ゲノム情報処理(2017)
○初学者ゼミⅠ(2017)
○情報システム工学実験第１(2017)
○初学者ゼミⅠ(2016)
○プレゼン・ディベート論（初学者ゼミⅡ）(2016)
○ゲノム情報処理(2016)
○情報システム工学実験第１(2016)
○情報システム工学実験第１(2015)
○初学者ゼミ(2015)
○ゲノム情報処理(2015)
○初学者ゼミ(2015)
○大学・社会生活論(2015)
○初学者ゼミ(2014)
○情報システム工学実験第１(2014)
○ゲノム情報処理(2014)
○ゲノム情報処理(2014)
○情報システム工学実験第１(2013)
○初学者ゼミ(2013)
○初学者ゼミ(2013)
○ゲノム情報処理(2013)
○情報システム工学実験第１(2012)
○初学者ゼミ(2012)

大学院担当授業科目

○生命情報と先端バイオ(2014)

他大学の客員教授

教育活動（FD）に関する研究

国際事業協力

留学生参加の社会活動

審議会等の参加

講演可能なテーマ

その他公的社会活動

○統計数理研究所(20141209-20141210)　細胞や分子のイメージング技術が発展し、生物・医学研究において静止画や動画像データの分析手法へのニーズが高まり、機械学習やコンピュータビジョン、統計科学の先進技術が急速に導入されている。このような研究分野は一部において、バイオイメージインフォマティクスと呼ばれている。データの特徴として、多数のオブジェクトが高密度に分布し、位置や形状が時空間的に変化すること、さらに顕微鏡光学系に起因するノイズ、データの時空間解像度の低さ、撮影条件の違いや個体差によるオブジェクトの形状・サイズの不均一性などが挙げられる。このような複雑性を持つ画像データの解析は、統計科学の問題としてもチャレンジングである。本講座では、ノイズ処理、特徴抽出、セグメンテーション、物体認識、形状解析、トラッキング、イメージアライメント（レジストレーション）等、バイオイメージデータ解析の基礎技術を一通り解説しながら、バイオイメージインフォマティクスの最新の研究成果および関連分野の動向を紹介する。 http://www.ism.ac.jp/lectures/26h.html

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