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研究者情報

データ更新日:2017年05月23日

佐藤 賢二 (さとう けんじ) 教授 SATOU Kenji

メール 研究室ウェブサイト

所属組織・役職等

理工研究域 電子情報学系

教育分野

【学士課程】
理工学域 電子情報学類
【大学院前期課程】
自然科学研究科 電子情報科学専攻
【大学院後期課程】
自然科学研究科 電子情報科学専攻

所属研究室等

バイオインフォマティクス研究室 TEL:076-234-4889 FAX:076-234-4900

学歴

【出身大学院】
九州大学 修士課程 工学研究科 情報工学専攻 1989/03 修了
【出身大学】
九州大学 工学部 情報工学科 1987/03 卒業
【取得学位】
博士(工学)

職歴

九州大学情報処理教育センター 助手(1989/04-1993/03)
九州大学工学部情報工学科 助手(1993/04-1994/12)
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター 助手(1995/01-1998/03)
北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科 助教授(1998/04-2007/09)
金沢大学大学院自然科学研究科(2007/10-)

生年月

1963年12月

所属学会

情報処理学会
電子情報通信学会
人工知能学会 評議員(2010-)
人工知能学会 分子生物情報研究会主査(2006-2009)
日本バイオインフォマティクス学会 幹事(2011-)
日本バイオインフォマティクス学会 評議員(2010-)
日本バイオインフォマティクス学会 評議員(2002-2003)

学内委員会委員等

受賞学術賞

専門分野

生体生命情報学、知能情報学、基礎ゲノム科学、応用ゲノム科学

専門分野キーワード

バイオデータの解析

研究課題

生命情報からのデータマイニングに関する研究

遺伝子やタンパク質など、生命に関する分子レベルの情報は増加の一途を辿り、その種類も多様になっている。このような大規模かつ複雑なデータを自在に組み合わせ、最新のデータマイニングアルゴリズムを適用することで、生命に関する新しい知見を得ることが、本研究の目的である。具体的なテーマとしては、タンパク質の機能予測や構造予測、RNA配列からの生物種推定、遺伝子発現データからの特徴的遺伝子の発見など、多岐に亘る。

生物医学文献からのテキストマイニングと高度な検索

生物学や医学の分野では、毎年莫大な数の文献が発表される。その中には貴重な実験結果や知見が含まれているため、コンピュータによる高度な検索や自動的な情報抽出が求められている。本研究の目的は、大規模なコーパスを元に単語の意味的な類似度を計算しておくことにより、単純なキーワード検索やテンプレートマッチングを超えた検索機能と情報抽出機能を実現することである。

著書

論文

  • A deductive database system PACADE for the three dimensional structure of protein 1巻 653-659頁 1991/01 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • A deductive database system PACADE for analyzing 3-D and secondary structures of protein 9巻 3号 259-265頁 1993/03 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Similar structure search in a deductive database 130-137頁 1993/09 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Searches for topologically and three dimensionally similar structures in proteins 4巻 25-35頁 1993/12 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Equipments for statistical analysis in a deductive database system -their implementation and their application to protein structural analysis- 237-244頁 1994/01 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)

全て表示

  • Application of a deductive database system PACADE toward discovery of clusters of similar structures in proteins 5巻 160-169頁 1994/01 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Data classification component in a deductive database system and its application to protein structural analysis E78-D巻 11号 1377-1387頁 1995/11 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • GenomeNet: overview and recent enhancements 1巻 541-544頁 1996/01 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Development of a deductive database system for computing closures of similarity relationships among protein structures 11巻 3号 440-450頁 1996/05 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Finding association rules on heterogeneous genome data 2巻 397-408頁 1997/01 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Application of a deductive database system to search for topological and similar three-dimensional structures in protein 13巻 2号 183-190頁 1997/04 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Extraction of substructures of proteins essential to their biological functions by a data mining technique 254-257頁 1997/06 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • A framework for quick-and-pinpoint data mining and its application to heterogeneous genome databases 5巻 773-777頁 2001/09 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Extraction of knowledge on protein-protein interaction by association rule discovery 18巻 5号 705-714頁 2002/05 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Prediction of protein-protein interaction sites using support vector machines 22-28頁 2003/06 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Development of support tool for NMR spectrum analysis 159-164頁 2003/06 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Conformational change of calmodulin: A molecular dynamics simulation study 8巻 47-52頁 2003/07 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Asynchronous peer-to-peer communication for failure resilient distributed genetic algorithms 2巻 769-773頁 2003/11 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Prediction and analysis of β-turns in proteins by support vector machine 14巻 196-205頁 2003/12 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • The superstructure toward open bioinformatics grid 22巻 2号 167-176頁 2004/02 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • An integrated system for distributed bioinformatics environment on grids 1巻 5-13頁 2004/05 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Prediction of protein secondary structure from PDB structure information based on sequence fragments Homology searching 250-255頁 2004/06 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Automated template discovery for information extraction from biomedical literature 2巻 39-44頁 2004/07 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Improving the identification of non-anaphoric it using support vector machines 58-61頁 2004/08 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Drug interaction ontology (DIO) for inferences of possible drug-drug interactions 454-458頁 2004/09 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Mining yeast transcriptional regulatory modules from factor DNA-binding sites and gene expression data 15巻 287-295頁 2004/12 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Detection and normalization of biases present in spotted cDNA microarray data: A composite method addressing dye, intensity-dependent, spatially-dependent, and print-order biases 12巻 1号 1-7頁 2005/02 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Utilizing weakly controlled vocabulary for sentence segmentation in biomedical literature 5巻 1号 67-79頁 2005/03 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Support vector machines for prediction and analysis of beta and gamma-turns in proteins 3巻 2号 343-358頁 2005/04 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Rule evaluation heuristics for knowledge discovery 29-44頁 2005/05 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Contractive conformational change of calmodulin caused by the central linker: A molecular dynamics simulation study 225-230頁 2005/06 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Computational discovery of transcriptional regulatory rules 21巻 Suppl.2号 101-107頁 2005/09 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Comparison of phrase indexing for biomedical and newswire documents S5-4-2 (6 pages in CD proceedings)頁 2005/11 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Reconstruction of Phylogenetic relationships from metabolic pathways based on the enzyme hierarchy and the gene ontology 16巻 2号 45-55頁 2005/12 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Qualitatively predicting acetylation and methylation areas in DNA sequences 16巻 2号 3-11頁 2005/12 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Conditional random fields for predicting and analyzing histone occupancy, acetylation and methylation areas in DNA sequences 221-230頁 2006/04 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Comparative analysis of protein thermostability: difference in contents and substitutions of amino acid types on the surface and in the core regions of thermophilic and mesophilic proteins 7巻 255-262頁 2006/06 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Fuzzy clustering improves phylogenetic relationships reconstruction from metabolic pathways 2807-2814頁 2006/07 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Parallel and pipelined database transfer in a grid environment for bioinformatics 2巻 255-262頁 2006/10 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Finding conserved and non-conserved reactions using a metabolic pathway alignment algorithm 17巻 1号 46-56頁 2006/12 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Phylogenetic reconstruction from non-genomic data 23巻 2号 110-115頁 2007/01 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Prediction of Histone Modifications in DNA sequences 959-966頁 2007/10 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Comparison of Cluster Identification Methods for Selection of GO Terms related to Gene Clusters 5巻 3号 54-63頁 2008/03 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Prediction of microRNA Hairpins Using One-class Support Vector Machines 33-36頁 2008/05 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Application of a Feature Selection Method to Nucleosome Data: Accuracy Improvement and Comparison with Other Methods 5巻 5号 95-104頁 2008/05 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Estimation of Identification Methods of Gene Clusters Using GO Term Annotations from a Hierarchical Cluster Tree 194-198頁 2008/06 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Ranking and Selection of Features for Improved Prediction of Nucleosome Occupancy and Modification 188-193頁 2008/06 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Prediction of Genomic Methylation Status on CpG Islands Using DNA Sequence Features 5巻 7号 153-162頁 2008/07 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Characterization and Clustering of GO Terms by Feature Importance Vectors Obtained from Microarray Data 5巻 7号 163-172頁 2008/07 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Performance Evaluation of Parallel Processing Environment for Molecular Dynamics 5巻 7号 173-182頁 2008/07 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Prediction of human microRNA hairpins using only positive sample learning 1巻 2号 141-146頁 2008/08 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Effect of Parallel Processing and Optimization Techniques in Molecular Dynamics 228-233頁 2008/08 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Prediction of methylation status on DNA sequences and identification of its important DNA sequence features 223-227頁 2008/08 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Finding Hidden Relationship among Biological Concepts in Gene Ontology 237-241頁 2008/08 査読有 原著論文 研究論文(プロシーディング)
  • Constructing Signal Transduction Networks Using Multiple Signaling Feature Data Nguyen,T.P., Satou,K., Ho,T.B., Takabayashi,K Proc. of Statistical and Relational Learning in Bioinformatics (StReBio) 1-8頁 2008/09 査読有 研究論文(プロシーディング)
  • A computational method for classifying and analyzing tumor samples using microRNA expression profiles Tran,D.H., Ho,T.B., Satou,K., Pham,T.H. Proc. of 3rd International Conference on Knowledge, Information and Creativity Support Systems (KICSS 2008) 120-127頁 2008/12 査読有 研究論文(プロシーディング)
  • Finding microRNA regulatory modules in human genome using rule induction 9巻 12号 S5頁 2008/12 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • An identification method of data-specific GO terms from a microarray data set E92-D巻 5号 1093-1102頁 2009/05 査読有 原著論文
  • Computational Discovery of miR-TF Regulatory Modules in Human Genome Tran, D.H., Satou, K., Ho, T.B., Pham, T.H. Bioinformation 4巻 8号 371-377頁 2010/02 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • MicroRNA expression profiles for classification and analysis of tumor samples Tran, D.H., Ho, T.B., Pham, T.H., Satou, K. E94-D巻 3号 416-422頁 2011/03 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • PLU1 histone demethylase decreases the expression of KAT5 and enhances the invasive activity of the cells Yoshida, M., Ishimura, A., Terashima, M., Enkhbaatar, Z., Nozaki, N., Satou, K., Suzuki, T. 437巻 3号 555-564頁 2011/08 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Inflammation-induced repression of tumor suppressor miR-7 in gastric tumor cells Kong,D., Piao,Y.S., Yamashita,S., Oshima,H., Oguma,K., Fushida,S., Fujimura,T., Minamoto,T., Seno,H., Yamada,Y., Satou,K., Ushijima,T., Ishikawa,T., Oshima,M. Oncogene 31巻 35号 3949–3960頁 2011/12 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • IMPACT: A Novel Clustering Algorithm based on Attraction Tran,V.A., Clemente,J.C., Nguyen,D.T., Li,J., Dang,X.T., Le,T.T.K., Nguyen,T.L.A., Saethang,T., Kubo,M., Yamada,Y., Satou,K. Journal of Computers 7巻 3号 653-665頁 2012/03 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • EpicCapo: epitope prediction using combined information of amino acid pairwise contact potentials and HLA-peptide contact site information Saethang,T., Hirose,O., Kimkong,I., Tran,V.A., Dang,X.T., Nguyen,T.L.A., Le,T.T.K., Kubo,M., Yamada,Y., Satou,K. BMC Bioinformatics 13巻 13:313頁 2012/11 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Validation of MIMGO: a method to identify differentially expressed GO terms in a microarray dataset Yamada, Y., Sawada, H., Hirotani, K., Oshima,M., Satou,K. BMC Research Notes 5巻 5:680頁 2012/12 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • A Novel Over-Sampling Method and its Application to Cancer Classification from Gene Expression Data Dang,X.T., Hirose,O., Bui,D.H., Saethang,T., Tran,V.A., Nguyen,T.L.A., Le,T.T.K., Kubo,M., Yamada,Y., Satou,K. Chem-Bio Informatics Journal 13巻 19-29頁 2013/01 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • PAAQD: Predicting immunogenicity of MHC class I binding peptides using amino acid pairwise contact potentials and quantum topological molecular similarity descriptors Saethang,T., Hirose,O., Kimkong,I., Tran,V.A., Dang,X.T., Nguyen,T.L.A., Le,T.T.K., Kubo,M., Yamada,Y., Satou,K. 387巻 1-2号 293-302頁 2013/01 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • A novel over-sampling method and its application to miRNA prediction Dang,X.T., Hirose,O., Saethang,T., Tran,V.A., Nguyen,T.L.A., Le,T.T.K., Kubo,M., Yamada,Y., Satou,K. Journal of Biomedical Science and Engineering 6巻 2A号 236-248頁 2013/02 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Improving the Prediction of Protein-Protein Interaction Sites Using a Novel Over-Sampling Approach and Predicted Shape Strings Nguyen,T.L.A., Hirose,O., Dang,X.T., Le,T.T.K., Saethang,T., Tran,V.A., Kubo,M., Yamada,Y., Satou,K. Annual Review & Research in Biology 3巻 2号 92-106頁 2013/03 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)
  • Inferring microRNA and transcription factor regulatory networks in heterogeneous data Le,T.D., Liu,L., Liu,B., Tsykin,A., Goodall,G.J., Satou,K., Li,J. BMC Bioinformatics 14巻 14:92頁 2013/03 査読有 原著論文 研究論文(学術雑誌)

講演・口頭発表等

芸術・フィールドワーク

特許

○実物大画像生成プログラム、実物大画像生成装置、及び、実物大画像生成方法(公開年月:2016/12/15)
○メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)のcna遺伝子の一塩基多型を利用したMRSAの血流感染のリスクを予測する方法(公開年月:2016/10/06)

共同研究希望テーマ

科研費

○基盤研究(C)「一度しか出現しない単語の意味推定とその応用に関する研究」(2010-2012) 代表者

学域・学類担当授業科目

○初学者ゼミⅠ(2017)
○プレゼン・ディベート論(初学者ゼミⅡ)(2017)
○プレゼン・ディベート論(初学者ゼミⅡ)(2017)
○バイオインフォマティクス(2017)
○学外技術体験実習A(2017)
○データセット解析及び演習(2017)
○バイオインフォマティクス(2017)
○生命情報システム設計(2017)
○卒業研究(2017)
○学外技術体験実習B(2017)
○プレゼン・ディベート論(初学者ゼミⅡ)(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○プレゼン・ディベート論(初学者ゼミⅡ)(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○初学者ゼミⅠ(2017)
○地域概論(2017)
○細胞・分子生物学(2016)
○細胞・分子生物学(2016)
○細胞・分子生物学(2016)
○細胞・分子生物学(2016)
○細胞・分子生物学(2016)
○細胞・分子生物学(2016)
○初学者ゼミⅠ(2016)
○プレゼン・ディベート論(初学者ゼミⅡ)(2016)
○地域概論(2016)
○初学者ゼミⅠ(2016)
○プレゼン・ディベート論(初学者ゼミⅡ)(2016)
○卒業研究早期卒業予定者用(2016)
○データセット解析及び演習(2016)
○卒業研究後期からの卒業研究着手者(2016)
○バイオインフォマティクス(2016)
○卒業研究(2016)
○生命情報システム設計(2016)
○バイオインフォマティクス(2016)
○電子情報生命工学序論B(2016)
○生物学Ⅰ(2015)
○バイオインフォマティクス(2015)
○初学者ゼミ(2015)
○バイオインフォマティクス(2015)
○生命情報システム設計(2015)
○データセット解析及び演習(2015)
○卒業研究(2015)
○電子情報生命工学序論(2015)
○初学者ゼミ(2015)
○初学者ゼミ(2014)
○初学者ゼミ(2014)
○生物学Ⅰ(2014)
○バイオインフォマティクス(2014)
○バイオインフォマティクス(2014)
○生命情報システム設計(2014)
○電子情報生命工学序論(2014)
○データセット解析及び演習(2014)
○卒業研究(2014)

大学院担当授業科目

○生命情報特論(2017)
○生命情報特論(2017)
○生命情報特論(2017)
○生命情報と先端バイオ(2017)
○企業体験実習(2017)
○生命情報特論(2017)
○生命情報特論(2016)
○生命情報と先端バイオ(2016)
○生命情報と先端バイオ(2015)
○生命情報特論(2015)
○人体機能学(2015)
○生命情報特論(2014)
○先端生命科学論(2014)
○生命情報特論(2014)
○人体機能学(2014)
○生命情報と先端バイオ(2014)

他大学の客員教授

教育活動(FD)に関する研究

国際事業協力

留学生参加の社会活動

審議会等の参加

講演可能なテーマ

その他公的社会活動

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