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研究者情報

データ更新日：2024年01月08日

佐藤　賢二　（さとう けんじ）　教授　SATOU Kenji

メール 研究室ウェブサイト

所属組織・役職等

融合研究域　融合科学系

教育分野

【学士課程】
理工学域　生命理工学類　バイオ工学コース
融合学域　先導学類
【大学院前期課程】
自然科学研究科　電子情報科学専攻
【大学院後期課程】
自然科学研究科　電子情報科学専攻

所属研究室等

バイオインフォマティクス研究室　TEL:076-234-4889　FAX:076-234-4900

学歴

【出身大学院】
九州大学　修士課程　工学研究科　情報工学専攻　1989/03　修了
【出身大学】
九州大学　工学部　情報工学科　1987/03　卒業
【取得学位】
博士（工学）

職歴

九州大学情報処理教育センター　助手(1989/04-1993/03)
九州大学工学部情報工学科　助手(1993/04-1994/12)
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター　助手(1995/01-1998/03)
北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科　助教授(1998/04-2007/09)
金沢大学大学院自然科学研究科(2007/10-)

生年月

1963年12月

所属学会

情報処理学会
電子情報通信学会
人工知能学会　評議員(2010-2010)
人工知能学会　分子生物情報研究会主査(2006-2009)
日本バイオインフォマティクス学会　評議員(2010-2010)
日本バイオインフォマティクス学会　評議員(2002-2002)
日本バイオインフォマティクス学会　幹事(2011-)

学内委員会委員等

受賞学術賞

専門分野

生体生命情報学、知能情報学、基礎ゲノム科学、応用ゲノム科学

専門分野キーワード

バイオデータの解析

研究課題

生命情報からのデータマイニングに関する研究

遺伝子やタンパク質など、生命に関する分子レベルの情報は増加の一途を辿り、その種類も多様になっている。このような大規模かつ複雑なデータを自在に組み合わせ、最新のデータマイニングアルゴリズムを適用することで、生命に関する新しい知見を得ることが、本研究の目的である。具体的なテーマとしては、タンパク質の機能予測や構造予測、RNA配列からの生物種推定、遺伝子発現データからの特徴的遺伝子の発見など、多岐に亘る。

生物医学文献からのテキストマイニングと高度な検索

生物学や医学の分野では、毎年莫大な数の文献が発表される。その中には貴重な実験結果や知見が含まれているため、コンピュータによる高度な検索や自動的な情報抽出が求められている。本研究の目的は、大規模なコーパスを元に単語の意味的な類似度を計算しておくことにより、単純なキーワード検索やテンプレートマッチングを超えた検索機能と情報抽出機能を実現することである。

著書

論文

  • A deductive database system PACADE for the three dimensional structure of protein　1巻　653-659頁　1991/01　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • A deductive database system PACADE for analyzing 3-D and secondary structures of protein　9巻　3号　259-265頁　1993/03　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Similar structure search in a deductive database　130-137頁　1993/09　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Searches for topologically and three dimensionally similar structures in proteins　4巻　25-35頁　1993/12　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Equipments for statistical analysis in a deductive database system -their implementation and their application to protein structural analysis-　237-244頁　1994/01　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）

全て表示

  • Application of a deductive database system PACADE toward discovery of clusters of similar structures in proteins　5巻　160-169頁　1994/01　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Data classification component in a deductive database system and its application to protein structural analysis　E78-D巻　11号　1377-1387頁　1995/11　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • GenomeNet: overview and recent enhancements　1巻　541-544頁　1996/01　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Development of a deductive database system for computing closures of similarity relationships among protein structures　11巻　3号　440-450頁　1996/05　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Finding association rules on heterogeneous genome data　2巻　397-408頁　1997/01　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Application of a deductive database system to search for topological and similar three-dimensional structures in protein　13巻　2号　183-190頁　1997/04　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Extraction of substructures of proteins essential to their biological functions by a data mining technique　254-257頁　1997/06　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • A framework for quick-and-pinpoint data mining and its application to heterogeneous genome databases　5巻　773-777頁　2001/09　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Extraction of knowledge on protein-protein interaction by association rule discovery　18巻　5号　705-714頁　2002/05　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Prediction of protein-protein interaction sites using support vector machines　22-28頁　2003/06　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Development of support tool for NMR spectrum analysis　159-164頁　2003/06　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Conformational change of calmodulin: A molecular dynamics simulation study　8巻　47-52頁　2003/07　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Asynchronous peer-to-peer communication for failure resilient distributed genetic algorithms　2巻　769-773頁　2003/11　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Prediction and analysis of β-turns in proteins by support vector machine　14巻　196-205頁　2003/12　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • The superstructure toward open bioinformatics grid　22巻　2号　167-176頁　2004/02　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • An integrated system for distributed bioinformatics environment on grids　1巻　5-13頁　2004/05　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Prediction of protein secondary structure from PDB structure information based on sequence fragments Homology searching　250-255頁　2004/06　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Automated template discovery for information extraction from biomedical literature　2巻　39-44頁　2004/07　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Improving the identification of non-anaphoric it using support vector machines　58-61頁　2004/08　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Drug interaction ontology (DIO) for inferences of possible drug-drug interactions　454-458頁　2004/09　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Mining yeast transcriptional regulatory modules from factor DNA-binding sites and gene expression data　15巻　287-295頁　2004/12　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Detection and normalization of biases present in spotted cDNA microarray data: A composite method addressing dye, intensity-dependent, spatially-dependent, and print-order biases　12巻　1号　1-7頁　2005/02　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Utilizing weakly controlled vocabulary for sentence segmentation in biomedical literature　5巻　1号　67-79頁　2005/03　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Support vector machines for prediction and analysis of beta and gamma-turns in proteins　3巻　2号　343-358頁　2005/04　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Rule evaluation heuristics for knowledge discovery　29-44頁　2005/05　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Contractive conformational change of calmodulin caused by the central linker: A molecular dynamics simulation study　225-230頁　2005/06　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Computational discovery of transcriptional regulatory rules　21巻　Suppl.2号　101-107頁　2005/09　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Comparison of phrase indexing for biomedical and newswire documents　S5-4-2 (6 pages in CD proceedings)頁　2005/11　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Reconstruction of Phylogenetic relationships from metabolic pathways based on the enzyme hierarchy and the gene ontology　16巻　2号　45-55頁　2005/12　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Qualitatively predicting acetylation and methylation areas in DNA sequences　16巻　2号　3-11頁　2005/12　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Conditional random fields for predicting and analyzing histone occupancy, acetylation and methylation areas in DNA sequences　221-230頁　2006/04　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Comparative analysis of protein thermostability: difference in contents and substitutions of amino acid types on the surface and in the core regions of thermophilic and mesophilic proteins　7巻　255-262頁　2006/06　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Fuzzy clustering improves phylogenetic relationships reconstruction from metabolic pathways　2807-2814頁　2006/07　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Parallel and pipelined database transfer in a grid environment for bioinformatics　2巻　255-262頁　2006/10　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Finding conserved and non-conserved reactions using a metabolic pathway alignment algorithm　17巻　1号　46-56頁　2006/12　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Phylogenetic reconstruction from non-genomic data　23巻　2号　110-115頁　2007/01　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Prediction of Histone Modifications in DNA sequences　959-966頁　2007/10　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Comparison of Cluster Identification Methods for Selection of GO Terms related to Gene Clusters　5巻　3号　54-63頁　2008/03　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Prediction of microRNA Hairpins Using One-class Support Vector Machines　33-36頁　2008/05　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Application of a Feature Selection Method to Nucleosome Data: Accuracy Improvement and Comparison with Other Methods　5巻　5号　95-104頁　2008/05　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Estimation of Identification Methods of Gene Clusters Using GO Term Annotations from a Hierarchical Cluster Tree　194-198頁　2008/06　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Ranking and Selection of Features for Improved Prediction of Nucleosome Occupancy and Modification　188-193頁　2008/06　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Prediction of Genomic Methylation Status on CpG Islands Using DNA Sequence Features　5巻　7号　153-162頁　2008/07　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Characterization and Clustering of GO Terms by Feature Importance Vectors Obtained from Microarray Data　5巻　7号　163-172頁　2008/07　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Performance Evaluation of Parallel Processing Environment for Molecular Dynamics　5巻　7号　173-182頁　2008/07　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Prediction of human microRNA hairpins using only positive sample learning　1巻　2号　141-146頁　2008/08　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Effect of Parallel Processing and Optimization Techniques in Molecular Dynamics　228-233頁　2008/08　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Prediction of methylation status on DNA sequences and identification of its important DNA sequence features　223-227頁　2008/08　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Finding Hidden Relationship among Biological Concepts in Gene Ontology　237-241頁　2008/08　査読有　原著論文　研究論文（プロシーディング）
  • Constructing Signal Transduction Networks Using Multiple Signaling Feature Data　Nguyen,T.P., Satou,K., Ho,T.B., Takabayashi,K　Proc. of Statistical and Relational Learning in Bioinformatics (StReBio)　1-8頁　2008/09　査読有　研究論文（プロシーディング）
  • A computational method for classifying and analyzing tumor samples using microRNA expression profiles　Tran,D.H., Ho,T.B., Satou,K., Pham,T.H.　Proc. of 3rd International Conference on Knowledge, Information and Creativity Support Systems (KICSS 2008)　120-127頁　2008/12　査読有　研究論文（プロシーディング）
  • Finding microRNA regulatory modules in human genome using rule induction　9巻　12号　S5頁　2008/12　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • An identification method of data-specific GO terms from a microarray data set　E92-D巻　5号　1093-1102頁　2009/05　査読有　原著論文
  • Computational Discovery of miR-TF Regulatory Modules in Human Genome　Tran, D.H., Satou, K., Ho, T.B., Pham, T.H.　Bioinformation　4巻　8号　371-377頁　2010/02　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • MicroRNA expression profiles for classification and analysis of tumor samples　Tran, D.H., Ho, T.B., Pham, T.H., Satou, K.　E94-D巻　3号　416-422頁　2011/03　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • PLU1 histone demethylase decreases the expression of KAT5 and enhances the invasive activity of the cells　Yoshida, M., Ishimura, A., Terashima, M., Enkhbaatar, Z., Nozaki, N., Satou, K., Suzuki, T.　437巻　3号　555-564頁　2011/08　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Inflammation-induced repression of tumor suppressor miR-7 in gastric tumor cells　Kong,D., Piao,Y.S., Yamashita,S., Oshima,H., Oguma,K., Fushida,S., Fujimura,T., Minamoto,T., Seno,H., Yamada,Y., Satou,K., Ushijima,T., Ishikawa,T., Oshima,M.　Oncogene　31巻　35号　3949–3960頁　2011/12　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • IMPACT: A Novel Clustering Algorithm based on Attraction　Tran,V.A., Clemente,J.C., Nguyen,D.T., Li,J., Dang,X.T., Le,T.T.K., Nguyen,T.L.A., Saethang,T., Kubo,M., Yamada,Y., Satou,K.　Journal of Computers　7巻　3号　653-665頁　2012/03　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • EpicCapo: epitope prediction using combined information of amino acid pairwise contact potentials and HLA-peptide contact site information　Saethang,T., Hirose,O., Kimkong,I., Tran,V.A., Dang,X.T., Nguyen,T.L.A., Le,T.T.K., Kubo,M., Yamada,Y., Satou,K.　BMC Bioinformatics　13巻　13:313頁　2012/11　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Validation of MIMGO: a method to identify differentially expressed GO terms in a microarray dataset　Yamada, Y., Sawada, H., Hirotani, K., Oshima,M., Satou,K.　BMC Research Notes　5巻　5:680頁　2012/12　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • A Novel Over-Sampling Method and its Application to Cancer Classification from Gene Expression Data　Dang,X.T., Hirose,O., Bui,D.H., Saethang,T., Tran,V.A., Nguyen,T.L.A., Le,T.T.K., Kubo,M., Yamada,Y., Satou,K.　Chem-Bio Informatics Journal　13巻　19-29頁　2013/01　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • PAAQD: Predicting immunogenicity of MHC class I binding peptides using amino acid pairwise contact potentials and quantum topological molecular similarity descriptors　Saethang,T., Hirose,O., Kimkong,I., Tran,V.A., Dang,X.T., Nguyen,T.L.A., Le,T.T.K., Kubo,M., Yamada,Y., Satou,K.　387巻　1-2号　293-302頁　2013/01　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • A novel over-sampling method and its application to miRNA prediction　Dang,X.T., Hirose,O., Saethang,T., Tran,V.A., Nguyen,T.L.A., Le,T.T.K., Kubo,M., Yamada,Y., Satou,K.　Journal of Biomedical Science and Engineering　6巻　2A号　236-248頁　2013/02　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Improving the Prediction of Protein-Protein Interaction Sites Using a Novel Over-Sampling Approach and Predicted Shape Strings　Nguyen,T.L.A., Hirose,O., Dang,X.T., Le,T.T.K., Saethang,T., Tran,V.A., Kubo,M., Yamada,Y., Satou,K.　Annual Review & Research in Biology　3巻　2号　92-106頁　2013/03　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）
  • Inferring microRNA and transcription factor regulatory networks in heterogeneous data　Le,T.D., Liu,L., Liu,B., Tsykin,A., Goodall,G.J., Satou,K., Li,J.　BMC Bioinformatics　14巻　14:92頁　2013/03　査読有　原著論文　研究論文（学術雑誌）

講演・口頭発表等

その他（報告書など）

  • タンパク質立体構造データの検索とデータマイニング　共立出版　31巻　10号　76-83頁　1999/01　⑫書評・文献紹介等
  • 私のブックマーク「バイオインフォマティクス」　人工知能学会　19巻　2号　 280-282頁　2004/03　⑫書評・文献紹介等
  • バイオデータベースの今「バイオデータベースの技術的問題点」　情報処理学会　47巻　3号　259-266頁　2006/03　⑫書評・文献紹介等
  • 機械学習技術を用いたエピジェネティクス関連領域の予測　人工知能学会　22巻　1号　63-69頁　2007/01　⑫書評・文献紹介等
  • ゲノムネットのデータベース利用法 第2版　佐藤賢二, ほか８名　共立出版　1996/05

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  • ゲノムネットのデータベース利用法 第3版　佐藤賢二, ほか１６名　共立出版　1998/04
  • ナレッジサイエンス - 知を再編する64のキーワード　佐藤賢二, ほか１９名　紀伊國屋書店　2002/12
  • 応用生命科学シリーズ9 バイオインフォマティクス　佐藤賢二, ほか９名　東京化学同人　2003/03
  • 実験医学別冊 ゲノム研究実験ハンドブック　佐藤賢二, ほか９５名　羊土社　2004/10
  • バイオインフォマティクス事典　佐藤賢二, ほか203名　共立出版　2006/06

芸術・フィールドワーク

特許

○実物大画像生成プログラム、実物大画像生成装置、及び、実物大画像生成方法(公開年月：2016/12/15)
○メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA）のcna遺伝子の一塩基多型を利用したMRSAの血流感染のリスクを予測する方法(公開年月：2016/10/06)

共同研究希望テーマ

科研費

○基盤研究（Ｃ）「一度しか出現しない単語の意味推定とその応用に関する研究」(2010-2012)　代表者

競争的資金・寄付金等

共同研究・受託研究実績

A-STEP採択課題

学域・学類担当授業科目

○初学者ゼミⅠ(2017)
○プレゼン・ディベート論（初学者ゼミⅡ）(2017)
○プレゼン・ディベート論（初学者ゼミⅡ）(2017)
○バイオインフォマティクス(2017)
○学外技術体験実習Ａ(2017)
○データセット解析及び演習(2017)
○バイオインフォマティクス(2017)
○生命情報システム設計(2017)
○卒業研究(2017)
○学外技術体験実習Ｂ(2017)
○プレゼン・ディベート論（初学者ゼミⅡ）(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○プレゼン・ディベート論（初学者ゼミⅡ）(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○細胞・分子生物学(2017)
○初学者ゼミⅠ(2017)
○地域概論(2017)
○細胞・分子生物学(2016)
○細胞・分子生物学(2016)
○細胞・分子生物学(2016)
○細胞・分子生物学(2016)
○細胞・分子生物学(2016)
○細胞・分子生物学(2016)
○初学者ゼミⅠ(2016)
○初学者ゼミⅠ(2016)
○データセット解析及び演習(2016)
○卒業研究後期からの卒業研究着手者(2016)
○バイオインフォマティクス(2016)
○卒業研究(2016)
○生命情報システム設計(2016)
○電子情報生命工学序論Ｂ(2016)
○バイオインフォマティクス(2016)
○卒業研究早期卒業予定者用(2016)
○プレゼン・ディベート論（初学者ゼミⅡ）(2016)
○プレゼン・ディベート論（初学者ゼミⅡ）(2016)
○地域概論(2016)
○生物学Ⅰ(2015)
○バイオインフォマティクス(2015)
○初学者ゼミ(2015)
○バイオインフォマティクス(2015)
○生命情報システム設計(2015)
○データセット解析及び演習(2015)
○卒業研究(2015)
○電子情報生命工学序論(2015)
○初学者ゼミ(2015)
○初学者ゼミ(2014)
○初学者ゼミ(2014)
○生物学Ⅰ(2014)
○バイオインフォマティクス(2014)
○バイオインフォマティクス(2014)
○生命情報システム設計(2014)
○電子情報生命工学序論(2014)
○データセット解析及び演習(2014)
○卒業研究(2014)

大学院担当授業科目

○生命情報特論(2017)
○生命情報と先端バイオ(2017)
○企業体験実習(2017)
○生命情報特論(2017)
○生命情報特論(2017)
○生命情報特論(2017)
○生命情報と先端バイオ(2016)
○生命情報特論(2016)
○生命情報と先端バイオ(2015)
○生命情報特論(2015)
○人体機能学(2015)
○生命情報特論(2014)
○先端生命科学論(2014)
○生命情報特論(2014)
○人体機能学(2014)
○生命情報と先端バイオ(2014)

他大学の客員教授

教育活動（FD）に関する研究

国際事業協力

留学生参加の社会活動

審議会等の参加

講演可能なテーマ

その他公的社会活動

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