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データ更新日：2025年04月04日
石谷 孔司 （いしや こうじ） 助教 ISHIYA, Koji
所属組織・役職等
医薬保健研究域附属サピエンス進化医学研究センター サピエンス進化医学研究センター
教育分野
所属研究室等
石谷研究室
学歴
【出身大学院】
東京大学大学院 博士課程 理学系研究科 生物科学専攻 2018/03 修了
【取得学位】
理学（博士）
職歴
日本学術振興会特別研究員DC1(2015/04-2018/03)
国立研究開発法人産業技術総合研究所 産総研特別研究員(2018/04-2020/03)
早稲田大学 ナノ・ライフ創新研究機構 招聘研究員(2018/07-2020/03)
国立研究開発法人産業技術総合研究所 研究員(2020/04-2023/09)
金沢大学 古代文明・文化資源学研究所 客員研究員(2021/06-2025/01)
早稲田大学理工学術院 客員講師(2021/09-2024/06)
国立研究開発法人産業技術総合研究所 主任研究員(2023/10-2024/06)
金沢大学 サピエンス進化医学研究センター 助教(2024/07-)
生年月
所属学会
日本人類学会
日本DNA多型学会
日本進化学会
日本バイオインフォマティクス学会
European Society for Evolutionary Biology
学内委員会委員等
受賞学術賞
○理学部優秀学生賞(2013/03)
○優秀研究賞(2017/12)
○若手研究賞(2022/11)
専門分野
専門分野キーワード
バイオインフォマティクス,ゲノミクス,メタゲノム,古代ゲノム,集団遺伝,進化系統解析,ソフトウェア開発,機械学習,進化
研究課題
著書
論文
- Identification and characterization of the suppressed lipid accumulation-related gene, SLA1, in the oleaginous yeast Lipomyces starkeyi Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 2024/07/31 査読有 研究論文（学術雑誌）
? - Bioarchaeological study of ancient Teotihuacans based on complete mitochondrial genome sequences and diet isotopes. Annals of human biology 50巻 1号 390頁 2023/10 査読有 研究論文（学術雑誌）
- Scaffold size-dependent effect on the enhanced uptake of antibiotics and other compounds by Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa Scientific Reports 12巻 1号 2022/04 査読有 研究論文（学術雑誌）
- Multivariate statistical monitoring system for microbial population dynamics. Physical biology 19巻 1号 2021/12/07 査読有 研究論文（学術雑誌） ?
- Citrate-mediated acyl-coa synthesis is required for the promotion of growth and triacylglycerol production in oleaginous yeast lipomyces starkeyi Microorganisms 9巻 8号 2021/08 査読有 研究論文（学術雑誌）
- Isolation and characterization of Lipomyces starkeyi mutants with greatly increased lipid productivity following UV irradiation. Journal of bioscience and bioengineering 131巻 6号 613頁 2021/02/10 査読有 研究論文（学術雑誌）
- Latent semantic analysis reveals time-series gene expression trends in yeast under hypoxic conditions AIP Conference Proceedings 2023/01 査読有 研究論文（プロシーディング）
- A biomolecular anthropological investigation of William Adams, the first SAMURAI from England Scientific Reports 10巻 1号 21651頁 2020/12 査読有 研究論文（学術雑誌）
- Inference of Regulatory System for TAG Biosynthesis in Lipomyces starkeyi. Bioengineering 7巻 4号 2020/11/19 査読有 研究論文（学術雑誌）
- Evolutionary History of the Risk of SNPs for Diffuse-Type Gastric Cancer in the Japanese Population Genes 11巻 7号 775頁 2020/07/10 査読有 研究論文（学術雑誌） ?
- MitoIMP: A computational framework for imputation of missing data in low-coverage human mitochondrial genome Koji Ishiya,Fuzuki Mizuno,Li Wang,Shintaroh Ueda Bioinformatics and Biology Insights 13巻 1頁 2019/09 査読有 研究論文（学術雑誌）
- Genome sequence of Rhodococcus erythropolis type strain, JCM 3201 Keitaro Yoshida,Wataru Kitagawa,Koji Ishiya,Yasuo Mitania,Nobutaka Nakashima,Sachiyo Aburatani,Tomohiro Tamura Microbiology Resource Announcements 8巻 14号 e01730-18頁 2019/04 査読有 研究論文（学術雑誌）
- Disruption of SMC-related genes promotes recombinant cholesterol esterase production in Burkholderia stabilis Applied Microbiology and Biotechnology 106巻 24号 8093頁 2022/12 査読有 研究論文（学術雑誌）
- Outlier detection for minor compositional variations in taxonomic abundance data Koji Ishiya,Sachiyo Aburatani Applied Sciences 9巻 7号 1355頁 2019/03 査読有 研究論文（学術雑誌）
- LsSpt23p is a regulator of triacylglycerol synthesis in the oleaginous yeast Lipomyces starkeyi Applied Microbiology and Biotechnology 107巻 4号 1269頁 2023/01/17 査読有 研究論文（学術雑誌）
- Recognition of differential culture conditions with dimensional reduction approach Journal of Physics: Conference Series 2701巻 1号 012139頁 2024/02 査読有 研究論文（学術雑誌） ?
- High-coverage genome sequencing of Yayoi and Jomon individuals shed light on prehistoric human population history in East Eurasian bioRχiv 2024/08
- バイオインフォマティクスによるバイオものづくり ―情報科学が加速するバイオものづくりの新展開 石谷孔司 化学と工業 77巻 4号 281頁 2024/04 研究論文（研究会，シンポジウム資料等）
- バイオインフォマティクスによる微生物群集解析の新展開 石谷孔司,油谷幸代 化学と生物 60巻 2号 52頁 2022/02 査読有 研究論文（研究会，シンポジウム資料等）
- MitoSuite: a graphical tool for human mitochondrial genome profiling in massive parallel sequencing PEERJ 5巻 2017/05 査読有 研究論文（学術雑誌）
- Comparative Genome Analysis of Three Komagataeibacter Strains Used for Practical Production of Nata-de-Coco Frontiers in Microbiology 12巻 2022/02 査読有 研究論文（学術雑誌）
- Comparative Genome Analysis Reveals Accumulation of Single-Nucleotide Repeats in Pathogenic Escherichia Lineages Current Issues in Molecular Biology 44巻 2号 498頁 2022/01/20 査読有 研究論文（学術雑誌） ?
- Novel approach for accurate detection of contaminating human mitochondrial DNA in next-generation sequencing data Journal of Physics: Conference Series 1391巻 1号 2019/12/13 査読有 研究論文（プロシーディング）
講演・口頭発表等
- パレオゲノム解析⼿法の紹介– 基礎から最新動向までを俯瞰する –(会議名：サピエンス進化医学研究センター研究交流セミナー)(2024/11/18)
- Detection of phylogenetically-informative SNPs in human Y-chromosome from next-generation sequencing data(会議名：The 2019 Congress of the European Society for Evolutionary Biology)(2019/08)
- 考古試料からの 網羅的なパレオメタゲノム評価技術の開発(会議名：日本微生物生態学会第37回広島大会)(2024/10/30)
- 機械学習による混入ミトコンドリアハプログループの高精度検出(会議名：日本 DNA多型学会第26回学術集会)(2017/12)
- 古代ゲノムから探る人類史:課題と展望(会議名：日本生理人類学会第75回大会・若手研究者講演会)(2017/06)
- HuMAP: A comprehensive tool for accessing NGS data on human mitogenome(会議名：The 11th International Workshop on Advanced Genomics)(2015/05)
- 古代ゲノミクス：劣化・汚染試料のゲノム解析へ向けて(会議名：東京大学・人類学セミナー)(2017/11)
- 機械学習アルゴリズムによる混入配列分類法の開発(会議名：第70回日本人類学会)(2016/10)
- スマートセル構築に向けたバイオインフォマティクスからのアプローチ(会議名：第11回生命医薬情報学連合大会)(2022/09/14)
- Robust age prediction model based on massive methylation data among multi-tissue(会議名：19th International Conference on Systems Biology)(2018/10)
- パレオゲノミクスのシンカ -古ＤＮＡが可能とするもの-(会議名：サピエンス進化医学研究センター第１回公開シンポジウム)(2024/12/23)
- Human biological sex determination using X/Y-linked k-mer signatures(会議名：1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC2024))(2024/10/24)
- 高度に効率化された古DNA解析パイプラインの開発(会議名：第47回日本分子生物学会年会)(2024/11/27)
- Recognition of differential culture conditions with dimensional reduction approach(会議名：12th International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences)(2023/08/28)
- Time-series Change Detection Approach for Microbial Population Dynamics(会議名：11th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics)(2021/01/11)
- ヒトミトゲノム統合解析ツール及びインピュテーションツールの開発と古代ゲノム解析への応用(会議名：人類学若手の会 第四回総合研究集会)(2015/10)
- パレオゲノミクス解析プラットフォーム: 効率化とオンサイト解析の実現に向けて(会議名：第78回日本人類学会大会)(2024/10/13)
- 配列特徴量に基づく迅速な性別判定法の開発(会議名：日本DNA多型学会 第31回学術集会)(2022/11/18)
- An introduction to paleogenomics: Challenges in poorly preserved fossil remains(会議名：Chile-Japan Academic Forum 2016)(2016/11)
- Inference of contaminated haplogroup in high-throughput sequencing data(会議名：第39回日本分子生物学会年会)(2016/10)
- Evaluating modern-day human contamination based on mitogenomic data(会議名：HTSA2014:Practical Course on High-Throughput Sequencing Data Analysis)(2014/10)
- A Bioinformatics Strategy for Separating Ancient DNA from Modern DNA Contamination(会議名：The 12th KCJ Bioinformatics Training Course and Symposium)(2014/06)
- Application of Latent Semantic Analysis to Metagenomic Data(会議名：the 23rd European Conference on Computational Biology)(2024/09)
- Latent semantic analysis reveals time-series gene expression trends in yeast under hypoxic conditions(会議名：11th International Conference on Mathematical Modeling in Physical Sciences)
- 機械学習アルゴリズムによる混入配列の分類 -古人骨ミトゲノムデータへの適用-(会議名：第70回日本人類学会)(2016/10)
- オープンサイエンス時代のゲノム人類学 :データ相互利活用に向けた課題と展望(会議名：研究基盤EXPO2025)(2025/01/27)
その他（報告書など）
芸術・フィールドワーク
○MitoIMP(2019/04-)(成績：ヒトミトコンドリアゲノムの欠損補完プログラム)
○MitoSuite(2017/05-)(開催地：mitosuite.com)(成績：次世代シーケンスデータに対応したヒトミトコンドリアゲノム統合解析ソフトウェア)
特許
○膜分離活性汚泥法よる汚濁水の処理方法(公開年月：2023/09/29)(出願国名：国内,外国,特許協力条約より出願)
共同研究希望テーマ
科研費
○バイオインフォマティクス「生物考古情報の復元に向けたパレオメタゲノミクス技術の開発 」(2024-2025) 代表者
○バイオインフォマティクス「メタゲノムを利用した試料属性推定システムの構築 」(2023-2025) 代表者
○自然人類学「半定住狩猟採集民の社会組織と葬制：骨考古学先端技術との連携による先史社会の復元」(2021-2026) 分担者
○バイオインフォマティクス「古ゲノム分析による日本列島の穀物利用史の解明」(2021-2023) 分担者
○バイオインフォマティクス「シン・パレオゲノミクスが創る博物館資料群活用の新展開」(2021-2023) 分担者
○バイオインフォマティクス「パレオゲノミクス解析プラットフォーム開発とその応用」(2020-2025) 分担者
○バイオインフォマティクス「迅速なDNA多型解析システム開発」(2019-2022) 代表者
○自然人類学「ミトコンドリアゲノム及び核ゲノム情報を用いた古代中国人類集団の遺伝的背景の解明」(2015-2017) 代表者
○自然人類学「遺跡出土古人骨の核DNA保存領域に関する包括的研究」(2025-2028) 分担者
競争的資金・寄付金等
○助成金 (2022-2022) 研究 機械学習による新奇バクテリオシンリソースの拡充 公益財団法人飯島藤十郎記念食品科学振興財団 個人研究助成
○助成金 (2022-2023) 研究 微生物毒性強度予測モデルの構築 クリタ 水・環境科学振興財団 研究助成
共同研究・受託研究実績
A-STEP採択課題
学域・学類担当授業科目
大学院担当授業科目
他大学の客員教授
教育活動（FD）に関する研究
国際事業協力
留学生参加の社会活動
審議会等の参加
講演可能なテーマ
○古代人ゲノム解析
○人類進化
○バイオインフォマティクス
○メタゲノム
○ゲノム科学