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研究者情報

データ更新日：2026年07月26日

長尾　知生子　（ながお ちおこ）　准教授　NAGAO, Chioko

メール 研究室ウェブサイト

所属組織・役職等

医薬保健研究域　薬学系

教育分野

所属研究室等

臨床薬学研究室

学歴

職歴

大阪大学　蛋白質研究所　助教(2020/04-2026/03)
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所　インシリコ創薬支援プロジェクト　サブプロジェクトリーダー(2018/04-2020/03)
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所　インシリコ創薬支援プロジェクト　プロジェクト研究員(2017/04-2018/03)
独立行政法人医薬基盤研究所　バイオインフォマティクスプロジェクト　プロジェクト研究員(2008/01-2017/03)
独立行政法人医薬基盤研究所　バイオインフォマティクスプロジェクト　特任研究員(2007/04-2007/12)

生年月

所属学会

CBI学会

学内委員会委員等

受賞学術賞

専門分野

生命・健康・医療情報学

専門分野キーワード

機械学習,立体構造,アプタマー,機能,タンパク質

研究課題

著書

  • 創薬研究のための相互作用解析パーフェクト〜低中分子・抗体創薬におけるスクリーニング戦略と実例、in silico解析、一歩進んだ分析技術まで (実験医学別冊)　羊土社　2021/12/09　共著　長尾知生子,李秀栄,水口賢司　4758122563
  • 実験医学増刊 Vol.38 No.5 イメージング時代の構造生命科学〜細胞の動態、膜のないオルガネラ、分子の構造変化をトランススケールに観る　羊土社　2020/03/21　共著　長尾 知生子,水口 賢司　4758103852
  • タンパク質結晶の新展開 : 新しい育成技術から構造解析・応用研究へ 高野和文編　シーエムシー出版　2013/10　分担執筆　長尾知生子,水口賢司　9784781307398

論文

  • Protein Data Bank Japan: Computational Resources for Analysis of Protein Structures.　Journal of molecular biology　169013頁　2025/02/15　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Development of an RNA aptamer as a therapeutic agent for synucleinopathies.　Nature communications　2026/07/15　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Protein Data Bank Japan: A unified portal for integrating structural and chemical data to explore protein-ligand interactions in PDB and PubChem.　Protein science : a publication of the Protein Society　35巻　8号　e70702頁　2026/08　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Subset binding enables detection of multimodal patient subgroup patterns and drug target discovery in idiopathic pulmonary fibrosis　Briefings in Bioinformatics　27巻　2号　2026/03/01　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Lysine-Targeting Inhibitors of Amyloidogenic Protein Aggregation: A Promise for Neurodegenerative Proteinopathies　JACS Au　2025/08/11　査読有　研究論文（学術雑誌）

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  • An adjuvant database for preclinical evaluation of vaccines and immunotherapeutics　Cell Chemical Biology　2025/08　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Phosphoproteomic subtyping of gastric cancer reveals dynamic transformation with chemotherapy and guides targeted cancer treatment　Cell Reports　114774頁　2024/10　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Familial Episodic Pain Syndrome: A Japanese Family Harboring the Novel Variant c.2431C>T (p.Leu811Phe) in SCN11A.　Biochemical genetics　2024/07/25　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Protein Data Bank Japan: Improved tools for sequence-oriented analysis of protein structures.　Protein science : a publication of the Protein Society　34巻　3号　e70052頁　2025/03　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Developing a Kinase-Specific Target Selection Method Using a Structure-Based Machine Learning Approach.　Advances and applications in bioinformatics and chemistry : AABC　13巻　27頁　2020/12　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Novel anti-flavivirus drugs targeting the nucleolar distribution of core protein.　Virology　541巻　41頁　2020/02　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Predicting Fraction Unbound in Human Plasma from Chemical Structure: Improved Accuracy in the Low Value Ranges.　Watanabe R,Esaki T,Kawashima H,Natsume-Kitatani Y,Nagao C,Ohashi R,Mizuguchi K　Molecular pharmaceutics　15巻　11号　5302頁　2018/11　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Prediction of the secondary structure of short DNA aptamers.　Biophysics and physicobiology　16巻　287頁　2019　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • High-Contrast Facile Imaging with Target-Directing Fluorescent Molecular Rotors, the N3-Modified Thioflavin T Derivatives.　Biochemistry　58巻　6号　493頁　2019/02/12　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • A prospective compound screening contest identified broader inhibitors for Sirtuin 1.　Scientific reports　9巻　1号　19585頁　2019/12/20　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • 医薬品関連文書の利活用に向けたインタビューフォームの構造化の提案　長尾知生子,鎌田真由美,中津井雅彦,深川明子,片山俊明,川島秀一,水口賢司,安倍理加　医薬品情報学　24巻　4号　187頁　2023/02　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Development of an in silico prediction system of human renal excretion and clearance from chemical structure information incorporating fraction unbound in plasma as a descriptor.　Scientific reports　9巻　1号　18782頁　2019/12/11　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Data Curation can Improve the Prediction Accuracy of Metabolic Intrinsic Clearance.　Esaki T,Watanabe R,Kawashima H,Ohashi R,Natsume-Kitatani Y,Nagao C,Mizuguchi K　Molecular informatics　38巻　1-2号　e1800086頁　2018/09　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Computational Model To Predict the Fraction of Unbound Drug in the Brain.　Journal of chemical information and modeling　59巻　7号　3251頁　2019/07/22　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Constructing an In Silico Three-Class Predictor of Human Intestinal Absorption With Caco-2 Permeability and Dried-DMSO Solubility.　Journal of pharmaceutical sciences　108巻　11号　3630頁　2019/11　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Data-driven patient stratification and drug target discovery by using medical information and serum proteome data of idiopathic pulmonary fibrosis patients　2022/03/29　
  • DruMAP: A Novel Drug Metabolism and Pharmacokinetics Analysis Platform　Journal of Medicinal Chemistry　2023/07/14　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Attention network for predicting T-cell receptor–peptide binding can associate attention with interpretable protein structural properties　Frontiers in Bioinformatics　3巻　2023/12/18　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Impact of Hydrogen Bonding on P-Glycoprotein Efflux Transport as Revealed by Evaluation of a De Novo Prediction Model　ACS Medicinal Chemistry Letters　2023/12/21　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Construction of a Tm-Value Prediction Model and Molecular Dynamics Study of AmNA-Containing Gapmer Antisense Oligonucleotide　Molecular Therapy - Nucleic Acids　102272頁　2024/07　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Improved pose and affinity predictions using different protocols tailored on the basis of data availability　JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN　30巻　9号　817頁　2016/09　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Detecting subtle functional differences in ketopantoate reductase and related enzymes using a rule-based approach with sequence-structure homology recognition scores　PROTEIN ENGINEERING DESIGN & SELECTION　23巻　11号　859頁　2010/11　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Sagace: A web-based search engine for biomedical databases in Japan　BMC Research Notes　5巻　604頁　2012　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Computational design, construction, and characterization of a set of specificity determining residues in protein-protein interactions　PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS　80巻　10号　2426頁　2012/10　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Expression, purification, crystallization and preliminary crystallographic study of FtsA from methicillin-resistant Staphylococcus aureus　ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS　69巻　Pt 8号　895頁　2013/08　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Prediction of Detailed Enzyme Functions and Identification of Specificity Determining Residues by Random Forests　PLOS ONE　9巻　1号　e84623頁　2014/01　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Crystal structure of FtsA from Staphylococcus aureus　FEBS LETTERS　588巻　10号　1879頁　2014/05　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Dextran sulfate-resistant A/Puerto Rico/8/34 influenza virus is associated with the emergence of specific mutations in the neuraminidase glycoprotein　ANTIVIRAL RESEARCH　111巻　69頁　2014/11　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Development of a pharmacokinetics prediction system using multiscale integrated modeling: 2. Classification of aqueous solubility measured using the dried-DMSO method　Tsuyoshi Esaki,Reiko Watanabe,Hitoshi Kawashima,Yayoi Natsume-Kitatani,Chioko Nagao,Rikiya Ohashi,Kenji Mizuguchi　Chem-Bio Informatics Society Annual Meeting　2017/10　査読有
  • Creation of lysine-deficient mutant lymphotoxin-alpha with receptor selectivity by using phage display　CYTOKINE　48巻　1-2号　111頁　2009/10　査読有
  • Bioinformatics Approaches for Analysis of Protein-Ligand Interactions　Munazah Andrabi,Chioko Nagao,Kenji Mizuguchi,Shandar Ahmad　Pharmaceutical Data Mining: Approaches and Applications for Drug Discovery　267頁　2009/12/01　査読無　
  • Creation of lysine-deficient mutant lymphotoxin-alpha with receptor selectivity by using a phage display system　BIOMATERIALS　31巻　7号　1935頁　2010/03　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Relationships between functional subclasses and information contained in active-site and ligand-binding residues in diverse superfamilies　PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS　78巻　10号　2369頁　2010/08　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Observation of the ''isomerization states'' of HCP by stimulated emission pumping spectroscopy: Comparison between theory and experiment　JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　106巻　7号　2980頁　1997/02　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Correlation between evolutionary structural development and protein folding　PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA　102巻　52号　18950頁　2005/12　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Observation of the highly excited vibrational levels of HCP: Application of IR-UV-SEP triple resonance spectroscopy　CHEMISTRY LETTERS　9号　941頁　1999/09　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Observation of the nuCH Excited Vibrational Levels in the Ã1A" State of HCP by IR-UV Double Resonance Spectroscopy.　Ishikawa H,Nagao C,Mikami N　Journal of molecular spectroscopy　194巻　1号　52頁　1999/03　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Spectroscopic investigation af the generation of "isomerization" states: Eigenvector analysis of the bend-CP stretch polyad　JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　109巻　2号　492頁　1998/07　査読有　研究論文（学術雑誌）

講演・口頭発表等

  • インタビューフォームの構造化に向けた技術的な取り組み(会議名：IMICユーザ会)(2023/11/02)
  • タンパク質立体構造予測の進歩 Alphafoldの出現からその先へ(会議名：日本乳酸菌学会2023年度大会)(2023/07/07)
  • 医薬品関連文書の利活用に向けたインタビューフォームの構造化の試み(会議名：第25回日本医薬品情報学学会総会・学術大会)(2023/06/10)

その他（報告書など）

  • AI創薬とデータベース—AI-driven drug discovery and databases—特集 AI×ビッグデータが実現する創薬DX　長尾 知生子,水口 賢司　医学のあゆみ　296巻　1号　8頁　2026/01/03
  • 間質性肺炎 診断と予後 新薬創出を加速する人工知能の開発 特発性肺線維症への取り組み　伊藤 眞里,武田 吉人,木田 博,木庭 太郎,野島 陽水,藤原 大,長尾 知生子,夏目 やよい,武田 理宏,松村 泰志,熊ノ郷 淳,水口 賢司　日本呼吸器学会誌　8巻　増刊号　167頁　2019/03　査読無
  • 「新薬創出を加速する人工知能の開発」特発性肺線維症への取り組み　伊藤眞里,武田吉人,木田博,木庭太郎,野島陽水,藤原大,長尾知生子,夏目やよい,武田理宏,松村泰志,熊ノ郷淳,水口賢司　日本呼吸器学会誌(Web)　8巻　167頁　2019/03/10　査読無
  • プレシジョンメディシンと創薬 5 創薬における計算機の果たす役割―プレシジョンメディシンに向けて―　長尾知生子,夏目やよい,水口賢司　月刊Precision Medicine　1巻　1号　28‐31頁　2018/10/25　査読無
  • 公共データベースの統合からAIによるデータマイニングに向けて:―創薬への応用を目指して―　伊藤 眞里,長尾 知生子,夏目 やよい,水口 賢司　日本化学会情報化学部会誌　35巻　3号　2017　査読無

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  • データベース・計算環境 : 知識データベース・AI基盤 (特集 人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション)　長尾 知生子,種石 慶　医薬ジャーナル　54巻　9号　2063頁　2018/09　査読無
  • 人工知能(AI)がもたらす創薬イノベーション 7.データベース・計算環境~知識データベース・AI基盤　長尾知生子,種石慶　医薬ジャーナル　54巻　9号　2063‐2067頁　2018/09/01　査読無

芸術・フィールドワーク

特許

○ウテログロビンを構造基盤とする二重特異性ポリペプチド(公開年月：2019/09/19)(出願国名：国内,外国,特許協力条約より出願)

共同研究希望テーマ

科研費

○基盤研究(C)「タンパク質の深層学習を用いた改変ポリメラーゼデザイン法の開発 」(2025-2027)　代表者
○国際共同研究加速基金（国際共同研究強化 (Ｂ))「神経変性疾患における超硫黄化アミロイドの役割に関する国際共同研究」(2024-2028)　分担者
○基盤研究(C)「人工核酸アプタマーの新規デザイン法の開発 」(2021-2024)　代表者

競争的資金・寄付金等

○競争的資金(学外)　(2018-2023)　研究　アプタマー情報をベースにした低分子医薬品創製プラットフォームの構築 　国立研究開発法人日本医療研究開発機構　創薬基盤推進研究事業

共同研究・受託研究実績

A-STEP採択課題

大学院担当授業科目

学士課程担当授業科目

他大学の客員教授

教育活動（FD）に関する研究

国際事業協力

留学生参加の社会活動

審議会等の参加

講演可能なテーマ

その他公的社会活動

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