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研究者情報

データ更新日：2024年11月22日

炭竈　享司　（すみかま たかし）　特任助教　SUMIKAMA, Takashi

所属組織・役職等

ナノ生命科学研究所

教育分野

所属研究室等

学歴

職歴

国立研究開発法人科学技術振興機構　さきがけ研究者(2020/11-2024/05)
金沢大学　ナノ生命科学研究所　特任助教(2020/04-)
金沢大学　ナノ生命科学研究所　博士研究員(2018/04-2020/03)
福井大学　医学部　特命助教(2010/02-2018/03)
分子科学研究所　博士研究員(2008/10-2010/01)
名古屋大学　理学研究科　G-COE研究員(2008/04-2008/09)

生年月

所属学会

日本生理学会(201201-)
日本生物物理学会(200412-)
日本分子生物学会(201909-)
米国生物物理学会(201110-)

学内委員会委員等

受賞学術賞

○Papers of the Month(2019/09)
○入澤宏・彩記念若手研究奨励賞(2018/03)
○医学部教員・学生による最優秀論文賞(2017/07)
○最優秀発表賞(2017/03)
○医学部教員・学生による優秀論文賞(2016/11)

専門分野

、、

専門分野キーワード

研究課題

著書

論文

  • Voltage sensors of a Na+ channel dissociate from the pore domain and form inter-channel dimers in the resting state　Nature Communications　14巻　7835頁　2023/12/19　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Computation of topographic and three-dimensional atomic force microscopy images of biopolymers by calculating forces　Biophysical Reviews　15巻　2059頁　2023/11/27　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Updating view of membrane transport proteins by simulation studies　Biophysics and Physicobiology　20巻　e200041頁　2023/11/02　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • The structural basis of divalent cation block in a tetrameric prokaryotic sodium channel　Nature Communications　14巻　1号　4236頁　2023/07/15　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Imaging single CaMKII holoenzymes at work by high-speed atomic force microscopy　Science Advances　9巻　26号　eadh1069頁　2023/06/30　査読有　研究論文（学術雑誌）

全て表示

  • Antithetic effects of agonists and antagonists on the structural fluctuations of TRPV1 channel　Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America　120巻　20号　e2301013120頁　2023/05/16　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Intuitive interpretation of heterochromatin and euchromatin through rapid Hi-C analysis　bioRxiv　2022/10/28　査読無
  • Computed Three-Dimensional Atomic Force Microscopy Images of Biopolymers Using the Jarzynski Equality　The Journal of Physical Chemistry Letters　13巻　5365頁　2022/06/09　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Vectorial insertion of a β-helical peptide into membrane: A theoretical study on polytheonamide B　Mahroof Kalathingal,Takashi Sumikama,Shigetoshi Oiki,Shinji Saito　120巻　4786頁　2021/09
  • Conductance selectivity of Na+ across the K+ channel via Na+ trapped in a tortuous trajectory　Kenichiro Mita,Takashi Sumikama,Masayuki Iwamoto,Yuka Matsuki,Kenji Shigemi,Shigetoshi Oiki　Proceedings of the National Academy of Sciences　118巻　12号　e2017168118頁　2021/03/23　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Computed Atomic Force Microscopy Images of Chromosomes by Calculating Forces with Oscillating Probes　Takashi Sumikama,Adam S. Foster,Takeshi Fukuma　Journal of Physical Chemistry C　124巻　3号　2213頁　2020/01　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Queueing arrival and release mechanism for K+ permeation through a potassium channel　Takashi Sumikama,Shigetoshi Oiki　Journal of Physiological Sciences　69巻　6号　919頁　2019/08　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • High-speed AFM reveals accelerated binding of agitoxin-2 to a K+ channel by induced fit　Ayumi Sumino,Takashi Sumikama,Takayuki Uchihashi,Shigetoshi Oiki　Science Advances　5巻　7号　eaax0495頁　2019/07　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Capturing the Freeze-Drying Dynamics of NaCl Nanoparticles Using THz Spectroscopy　Katsuhiro Ajito,Yuko Ueno,Jae-Young Kim,Takashi Sumikama　Journal of the American Chemical Society　140巻　42号　13793頁　2018/10　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Origins of Heat Evolution in Mixing Water and Dimethyl Sulfoxide　Kazuko Mizuno,Takashi Sumikama,Yoshinori Tarnai,Masahiko Tani　2018 43rd International Conference on Infrared, Millimeter, and Terahertz Waves (IRMMW-THz)　2018-September巻　2018/09　査読有　研究論文（プロシーディング）　
  • A Letter to Editors —生物物理誌への提言—　Takashi SUMIKAMA　Seibutsu Butsuri　58巻　2号　108頁　2018　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • チャネルの入口がイオンの透過速度を決める　Takashi Sumikama,Shigetoshi Oiki　生物物理　58巻　1号　012頁　2018　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Structure and dynamics of solvent molecules inside the polytheonamide B channel in different environments: a molecular dynamics study　Mahroof Kalathingal,Takashi Sumikama,Toshifumi Mori,Shigetoshi Oiki,Shinji Saito　Physical Chemistry Chemical Physics　20巻　5号　3334頁　2018　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Digitalized K+ Occupancy in the Nanocavity Holds and Releases Queues of K+ in a Channel　Takashi Sumikama,Shigetoshi Oiki　Journal of the American Chemical Society　138巻　32号　10284頁　2016/08　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Origin of the Shape of Current-Voltage Curve through Nanopores: A Molecular Dynamics Study　Takashi Sumikama　Scientific Reports　6巻　25750頁　2016/05　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • 膜内KcsAカリウムチャネルの原子間力顕微鏡による構造と動態解析　Ayumi Sumino,Daisuke Yamamoto,Takashi Sumikama,Masayuki Iwamoto,Takehisa Dewa,Shigetoshi Oiki　生物物理　55巻　1号　005頁　2015　査読有　研究論文（学術雑誌）　
  • Mechanism of ion permeation through a model channel: Roles of energetic and entropic contributions　Journal of Chemical Physics　139巻　16号　165106頁　2013/10/28　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • The Open Gate Structure of the Membrane-Embedded KcsA Potassium Channel Viewed From the Cytoplasmic Side　Ayumi Sumino,Takashi Sumikama,Masayuki Iwamoto,Takehisa Dewa,Shigetoshi Oiki　Scientific Reports　3巻　1063頁　2013/01　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • Cycle Flux Algebra for Ion and Water Flux through the KcsA Channel Single-File Pore Links Microscopic Trajectories and Macroscopic Observables　Shigetoshi Oiki,Masayuki Iwamoto,Takashi Sumikama　PLoS ONE　6巻　1号　e16578頁　2011/01　査読有　研究論文（学術雑誌）
  • A mesoscopic approach to understanding the mechanisms underlying the ion permeation on the discrete-state diagram　Shigetoshi Oiki,Masayuki Iwamoto,Takashi Sumikama　Journal of General Physiology　136巻　3号　363頁　2010/09　査読有
  • Mechanism of ion permeation in a model channel: Free energy surface and dynamics of K+ ion transport in an anion-doped carbon nanotube　Takashi Sumikama,Shinji Saito,Iwao Ohmine　Journal of Physical Chemistry B　110巻　41号　20671頁　2006/10　査読有　研究論文（学術雑誌）

講演・口頭発表等

  • AFM image computations by force calculation and combined studies of AFM and MD simulations(会議名：The First International Symposium of Nano Life Science: Nano Biotechnology, Biosensor, Computation (NanoBiocom2023))(2023/09/18)
  • Computational and theoretical studies in collaboration with experiments to elucidate biological phenomena(会議名：International Conference on Theoretical and High Performance Computational Chemistry 2024)(2024/04/21)
  • Molecular mechanism of selective ion permeation through the K+ channels: A computational study(会議名：The 10th Federation of the Asian and Oceanian Physiological Societies Congress)(2023/11/01)
  • K+チャネルでの選択的イオン透過とNa+チャネルのゲーティングの新機構(会議名：日本生物物理学会)(2023/11/15)
  • A development of rapid classification method of A/B compartments based on Hi-C and an insight into structural dynamics of A/B compartments(会議名：第３回Hi-C研究会)(2023/05/11)

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  • Chromosome modeling by polymer simulation and comparison with 3D-AFM measurements(会議名：第５回ゲノム生物物理学セミナー)(2023/08/28)

その他（報告書など）

芸術・フィールドワーク

特許

○晶析過程制御方法および装置(出願国名：国内,外国,特許協力条約より出願)(特許番号：特許5704630)

共同研究希望テーマ

科研費

競争的資金・寄付金等

共同研究・受託研究実績

A-STEP採択課題

学域・学類担当授業科目

大学院担当授業科目

○数理計算科学探求(2021)
○数理計算科学探求(2020)

他大学の客員教授

教育活動（FD）に関する研究

国際事業協力

留学生参加の社会活動

審議会等の参加

○日本生物物理学会分野別専門委員（イオン透過）(2024/01-2024/12)
○日本生物物理学会分野別専門委員（イオン透過）(2018/01-2018/12)
○日本生物物理学会分野別専門委員（イオン透過）(2016/01-2016/12)

講演可能なテーマ

その他公的社会活動

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